1. Укоренение в среднюю точку

Дерево, порожденное Neighbor-Joining алгоритмом и укорененное retree
Правильное дерево
Укоренение произошло в ветвь {CLOTE, FINM2, BACAN, LISMO, STAES} vs {ENTFA, LACLM, LACDA}. Оно неверно.
Нельзя укоренить в среднюю точку деревья, построенные методом максимальной экономии, потому что для этого необходима средняя точка в смысле расстояния, но в методе максимальной экономии не используется гипотеза молекулярных часов, т.е. расстояния не считаются.
Также не имеет смысла укоренять в среднюю точку дерево, построенное методом UPGMA, так как алгоритм UPGMA строит уже укоренненое дерево.

2. Использование внешней группы

Алгоритм максимальной экономии продемонстрировал себя не лучшим образом. Ни одна клада не имеет с реальностью совпадений, и укоренение неверно.

3. Бутстрэп

Решил, помимо бутстрэп-подхода, применить и использование внешний группы, оставив ECOLI. 
                                          +-----------------------RS2 FINM2
                                          |
                                  +--55.0-|               +-------RS2 LACLM
                                  |       |       +--47.1-|
                                  |       +--90.8-|       +-------RS2 ENTFA
                          +--100.0-|               |
                          |       |               +---------------RS2 LACDA
                  +--96.0-|       |
                  |       |       +-------------------------------RS2 STAES
          +--80.2-|       |
          |       |       +---------------------------------------RS2 LISMO
  +-------|       |
  |       |       +-----------------------------------------------RS2 ECOLI
  |       |
  |       +-------------------------------------------------------RS2 BACAN
  |
  +---------------------------------------------------------------RS2 CLOTE
Примечательно, но в 100% случаев получилась ветвь, которая не присутствует в правильном выравнивании, т.е. этот метод не универсален. Заметно, как и во многих прежних результатах клада лактобактерий ясно выделяеся (90.8). Но в целом, даже при использовании внешний группы получится неправильное дерево, т.к. хотя бы BACAN и CLOTE занимают неверное относительно друг друга положение. 
  1. RS2 CLOTE
  2. RS2 ECOLI
  3. RS2 FINM2
  4. RS2 LACDA
  5. RS2 LACLM
  6. RS2 ENTFA
  7. RS2 STAES
  8. RS2 LISMO
  9. RS2 BACAN

...**....                  38.83
...****..                  34.17
..*******                  19.77
..*...*..                  10.67
...*.*...                   8.00
..*..*...                   6.17
..*.**...                   5.67
.*.....*.                   4.00
..**.....                   3.00
..***....                   0.40
....***..                   0.20
Даже среди исключенных, к сожалению, не нашлось правильных ветвей.