Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 814,5 | 51,1% | 66,0% | 14 | 4 |
Transcription termination/antitermination protein NusA | NUSA_ECOLI | NUSA_BACSU | 703,5 | 28,7% | 48,3% | 124 | 3 |
Cell division protein ZapA | ZAPA_ECOLI | ZAPA_BACSU | 41,5 | 13,2% | 29,8% | 48 | 5 |
Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 823,5 | 53,8% | 69,6% | 3 | 2 | 97,8% | 95,0% |
Transcription termination/antitermination protein NusA | NUSA_ECOLI | NUSA_BACSU | 707,0 | 40,2% | 65,6% | 1 | 1 | 69,3% | 92,2% |
Cell division protein ZapA | ZAPA_ECOLI | ZAPA_BACSU | 50,0 | 16,5% | 48,1% | 9 | 3 | 70,6% | 84,7% |
Type of alignment | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Глобальное | CHEB_ECOLI | DAAA_BACSU | 29,5 | 7,3% | 11,3% | 417 | 13 | 40,2% | 100% |
Локальное | CHEB_ECOLI | DAAA_BACSU | 33,5 | 20,8% | 39,3% | 19 | 7 | 17,9% | 57,1% |
Можно с достаточно высокой уверенностью сказать, что белки не гомологичны, так как процент идентичности глобального выравнивания сильно мал, но в то же время, процент идентичности по локальному выравниванию стоит на грани определения - гомологичен он или нет.
Была выбрана мнемоника "ACCA", рекомендованное полное название которой: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha.
В результате поиска белков, чьи идентификаторы начинаются с мнемоники "ACCA" в Swiss-Prot было найдено 463 белка.
Я выбрал следующие белки для множественного выравнивания:
ACCA_PEA
ACCA_ARATH
ACCA_SALTY
ACCA_PSEAE
ACCA_STRPN
ACCA_ECOLI
ACCA_BACSU
Ссылка на файл проекта в формате .jvp
По моим наблюдениям все белки гомологичны, так как имеют частые и достаточно протяженные консервативные участки. Консервативные участки вы можете увидеть на следующих координатах:
210-215; 224-231; 250-260; 293-303;
Также очень много консервативных участков короткой длины(2-4).