IMPERIAL

Краткое введение

По идентификатору CAF30041.1 с помощью базы знаний UniProt был найден белок CAAX пренилпротеаза 2. Белок закодирован в гене rce1 у организма
Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL). Methanococcus maripaludis - вид метаногенов. Это анаэробная, слабо подвижная, неспорообразующая, грамотрицательная и плеоморфная коккоидная палочка размером в среднем 1,2 на 1,6 мкм.

Функционал белка: Эндопептидаза, которая протеолитически удаляет C-концевые три остатка фарнезилированных пептидов, содержащих мотив CAAX, где C-цистеин, A-алифатическая аминокислота и X-любая аминокислота. Расщепляет C-конец мотива CAAX как до P1, так и до P1' - положений. Гидролиз зависит от фарнезилированного остатка цистеина и не проявляет активности в отношении геранилгеранилированных пептидов. [1]

Источники

[1] "Механизм процессинга фарнезилированного белка CAAX внутримембранной протеазой Rce1" . Manolaridis I., Kulkarni K., Dodd R. B., Ogasawara S., Zhang Z., Bineva G., O'Reilly N., Hanrahan S. J., Thompson A. J., Cronin N., Iwata S., Barford D. Nature 504:301-305(2013)

Мне выдан белок CAAX пренилпротеаза 2. Белок закодирован в гене rce1 у археи Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL). Я нашел референсный протеом Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL). Этот протеом будет наилучшим образом описывать архею, в которой содержится целевой белок.

В качестве контрольного протеома выбрал референсный протеом археи Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) - кстати, для справки - это была первая архея, чей полный геном был секвенирован.

Рассмотрим референсный протеом №1

Рассмотрим контрольный референсный протеом №2

Для скачивания каждого из протеомов я использовал следующие команды:

• Протеом №1: "curl 'https://www.uniprot.org/uniprot/?query=proteome:up000000590&format=txt&compress=yes' > UP000000590.swiss.gz"
• Протеом №2 - контроль: "curl 'https://www.uniprot.org/uniprot/?query=proteome:up000000805&format=txt&compress=yes' > UP000000805.swiss.gz"

Оценим доли, которые составляют белки некоторой "функциональной группы" в протеоме археи (которой принадлежит изучаемый белок) и в контрольном протеоме. Сравнение и оценку я проводил на сервисе Uniprot. Для эффективного и быстрого поиска, следуйте указаниям ниже:

1. Зайдите на сайт UniProt.


2. В UniProtKB введите запрос: 'organism:"Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL) [267377]" AND proteome:up000000590' (выбор организма и соответственно протеома зависит от задачи)


3. Или organism:"Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) [243232]" AND proteome:up000000805


4. Найдите заголовок слева 'View by' и нажмите на подпункт Keywords


5. В данном случае нужно оценить количество трансмембранных белков; Нажмите на Cellular component => Membrane. После можем оценить.


6. В данном случае нужно оценить количество трансмембранных белков; Нажмите на Molecular function. После можем оценить.


7. На функциональную группу на мой выбор все можно сделать аналогичным образом.

Протеом №1: Состоит из 1 хромосомы BX950229.

• Трансмембранных белков - 315, что составляет 18,3% от протеома.
• Ферментов 695 - 40,36%:
  116 - 6,7% Гидролаз;
  38 - 2,2% Изомераз;
  70 - 4% Лигаз;
  62 - 3,6% Лиаз;
  132 - 7,6% Оксидоредуктаз;
  217 - 12,6% Трансфераз;
  6 - 0,35% Транслоказ;
• Я выбрал в качестве сравнения функциональной группы вирусный нуклеопротеин: был обнаружен всего лишь один(0,05%) - Putative snRNP Sm-like protein. Видимо он был получен от вируса.

Контрольный - протеом №2: Состоит из 1 хромосомы L77117 и двух плазмид L77119 и L77118.

• Трансмембранных белков - 305, что составляет 17% от протеома.
• Ферментов 632 - 35,36%:
  145 - 8,1% Гидролаз;
  34 - 1,9% Изомераз;
  67 - 3,75% Лигаз;
  65 - 3,6% Лиаз;
  81 - 4,5% Оксидоредуктаз;
  232 - 12,9% Трансфераз;
  8 - 0,45% Транслоказ;
• Я выбрал в качестве сравнения функциональной группы вирусный нуклеопротеин: ни один вирусный нуклеопротеин не был обнаружен(0%), в отличие от Протеома №1

Сравним протеомы на первую аминокислоту в каждом белке

Ниже я привел команды в bash, которые я использовал для анализа.

• 'zcat UP000000590.swiss | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v "^>" | sort -u'

В результате на выходе мы получили M, а это значит, что все белки протеома UP000000590 начинаются с метионина.



• zcat UP000000805.swiss | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v "^>" | sort -u

В результате на выходе мы получили M, а это значит, что все белки протеома UP000000805 начинаются с метионина.