Выберем качественную сборку генома эукариотического организма.
Я выбрал эукариотический организм - лещ обыкновенный (лат. Abramis brama) или freshwater bream.
С помощью поискового запроса "Abramis brama (common bream)" я нашел две сборки: ASM2282908v1(референсный) и ASM2282916v1.
Уровень сборки: Chromosome.
Выбранная сборка - ASM2282908v1 является референсной(вручную или автоматически отобранные в качестве лучшего
среди доступных геномов таксономической группы (обычно вида)).
Характеристики сборки ASM2282908v1 (референсный)
| Cборка ASM2282908v1 | Идентификатор GenBank | Идентификатор RefSeq | Общий размер генома | Параметр N50 Scaffold | Параметр N50 Contig | Параметр L50 Scaffold | Параметр L50 Contig |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GCA_022829085.1 | Отсутствует | 1.1 Gb | 42.5 Mb | 10.2 Mb | 11 | 35 |
N50: N50 - длина контига, для которого половина(50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины..
L50: L50 - число контигов(наименьшее), в которых содержится половина(50%) всех нуклеотидов сборки.