A- и В- формы ДНК. Структура РНК.

Построение моделей ДНК.

С помощью программы fiber пакета 3DNA построил модели A-, B- и Z-формы ДНК. В результате получились следующие файлы:

Задание №2

Рис. 1 Тимин, синим обозначены атомы, явно обращённые в сторону малой бороздки, а красным — в сторону большой

При рассмотрении модели B-формы ДНК, полученной по экспериментальным данным (PDB: 1bna), получены следующие результаты для тимина в позиции 20:

В сторону большой бороздки обращены атомы (номера, как они представлены в Jmol): [DT]20:B.C4 #401, [DT]20:B.O4 #402, [DT]20:B.C5 #403, [DT]20:B.C7 #404, [DT]20:B.C6 #405

В сторону малой бороздки обращены атомы (номера, как они представлены в Jmol): [DT]20:B.C2 #398, [DT]20:B.O2 #399

Ниже приведена таблица с характеристиками основных форм ДНК. Измерение проводилось с использованием NGLview.

	A-ФОРМА	В-ФОРМА	Z-ФОРМА
Тип спирали(левая или правая)	правая	правая	левая
Шаг спирали(А)	28.03	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	7.98 ([DT]15:A.P-[DC]28:B.P)	17.21 ([DG]25:B.P-[DC]12:A.P)	7.20([DC]12:A.P-[DC]26:B.P)
Ширина малой бороздки	16.81 ([DG]9:A.P-[DA]26:B.P)	11.69 ([DT]31:B.P-[DA]14:A.P)	11.58 ([DG]11:A.P-[DG]35:B.P)

Координаты стеблей:

901..907 - 972..966

949..953 - 965..961

939..944 - 931..926

910..913 - 925..922

Неканонические пары: 901:P-**--A:972

905:U-*---G:968

954:t-**--a:968

955:P-**+-G:917

943:A-**--P:927

944:A-*---g:926

913:C-**--C:922

914:A-**--U:908

915:A-**+-U:948

Стабилизирующие водородные связи

954:t-**--a:968

955:P-**+-G:917

IMPERIAL