Базы данных: GO, KEGG, Reactome, STRING, Human Protein Atlas и др.
В данном практикуме я работал c базой данных GO.
Я вводил следующие ID для поиска:
- AKR1A1
- AKR1B1
- AKR1B10
- AKR7A2
- ALG5
- CRYL1
- DCXR
- DHDH
- MECR
- PECR
- RBKS
- SORD
- UXS1
- XYLB
База данных GO имеет приятный вступительный интерфейс.
Сначала я ввел ID в поле для поиска:
Моей целью было выяснить, в каких биологических процессах в организме Homo Sapiens участвуют последовательности белков(ID указаны выше). После нажатия кнопки LAUNCH были получены следующие результаты.
Я нажал на число 14 из уникально сопоставленных идентификаторов столбца upload_1.
Сразу видно, что дизайнеры пользовательских интерфейсов забыли про страницу вывода результатов.
Далее я выяснил, что 4 белковых последовательностей из моего списка участвуют в пути разложения аскорбата. В месте, где написано "Convert List to": я выбрал "Pathway".
Полное название пути: Прокариотическая деградация аскорбата до ксилулозо-5-фосфата. Ксилулоза-5-фосфат является промежуточным звеном в пентозофосфатном пути, важном для образования NADPH и пентозных сахаров для биосинтеза нуклеотидов.
В данном пути участвуют 4 компонента:
- P02849 - L-ксилулозокиназа
- Р02850 - 3-кето-L-гулонат-6-фосфатдекарбоксилаза
- Р02851 - L-рибулоза-5-фосфат-4-эпимераза
- Р02852 - L-ксилулоза-5-фосфат-3-эпимераза
Результаты
Ресурс Gene Ontology предоставляет всеобъемлющую вычислительную модель биологических систем, начиная с молекулярного и заканчивая организменным уровнем, охватывающую множество видов на древе жизни. Как пользователь с идентификаторами генов, вы можете использовать следующие функции генной онтологии:
- Онтология: GO предоставляет сеть биологических классов, которые описывают текущее наилучшее представление “вселенной” биологии. Эти классы включают молекулярные функции, расположение в клетке и процессы, которые могут выполнять генные продукты.
- Аннотация: GO предоставляет утверждения, основанные на конкретных, прослеживаемых научных доказательствах, которые утверждают, что конкретный генный продукт является реальным образцом определенного класса GO. Аннотации могут быть сделаны вручную или автоматически с использованием вычислительных методов.
- GO-КАМЕРА: Консорциум GO разработал структурированную структуру под названием GO Causal Activity Model (GO-CAM), которая связывает стандартные аннотации GO в более полную модель биологической системы. GO-CAM предоставляет способ улавливать причинно-следственные связи между генными продуктами и биологическими процессами и функциями.
- Инструменты и руководства: The GO предоставляет различные инструменты для кураторства, просмотра, поиска, визуализации и загрузки как онтологии, так и аннотаций. Эти инструменты включают биоинформационные руководства (Записные книжки) и простой доступ к API для интеграции GO в исследования.
В результате моего поиска были получены следующие результаты: я выяснил, что 4 компонента из моего списка участвуют в пути разложения аскорбата.
Полное название пути: Прокариотическая деградация аскорбата до ксилулозо-5-фосфата. Ксилулоза-5-фосфат является промежуточным звеном в пентозофосфатном пути, важном для образования NADPH и пентозных сахаров для биосинтеза нуклеотидов.
В данном пути участвуют 4 компонента:
- P02849 - L-ксилулозокиназа
- Р02850 - 3-кето-L-гулонат-6-фосфатдекарбоксилаза
- Р02851 - L-рибулоза-5-фосфат-4-эпимераза
- Р02852 - L-ксилулоза-5-фосфат-3-эпимераза