Краткое описание генома вируса Atkinsonella hypoxylon virus
Atkinsonella Hypoxylon virus на данный момент является единственным миковирусом (вирусом грибов) в семействе Partitiviridae, название которого формируется из латинского "partitus", что означает "разделить". Некоторые последовательности очень похожие на геном partitiviruses недавно были выделены из растений; но до сих пор не ясно, являются ли эти вирусы изначально истинными паразитами растений, или они были выделены из паразитических грибов внутри растения. Снаружи эти вирусы образуют форму изометрического (икосаэдрического) вириона. А его геном представлен двудольной, линейной, двухчепочечной РНК, сегменты которой не связаны [1]. Данный вирус распространён по всему миру. Его репликация происходит следующим образом:
1) сначала вирус проникает в цитоплазму клетки хозяина
2) транскрипция РНК генома с помощью вирусной полимеразы протекает внутри вириона, так что вся РНК никогда не подвергается воздействию цитоплазмы
3) затем вне капсида формируются новые вирусы, которые накапливаются в клетке хозяина, а затем передаются новым клеткам через цитоплазматический обмен, спорогенез или анастамозы гиф [2].
В таблице 1 приведены некоторые важные количественные и качественные показатели, характеризующие Atkinsonella hypoxylon virus [3].
| Таблица 1. Основные пареметры генома вируса Atkinsonella hypoxylon virus | |
| Параметр | Значение |
| Латинское название вируса | Atkinsonella hypoxylon virus |
| Русское название вируса | нет |
| Количество фрагментов в полном геноме | 3 |
| Общая длина генома | 6105 |
| Количество кодируемых в геноме белков | 2 (белок оболочки (капсида) и полимеразы) |
>gi|19744947|ref|NP_604476.1| putative capsid protein MSSNDSAQTRNLQEERFNERTSTPTVVTAVLPDTNGPTTNSTSGSVGPPHPTPNVPVPTQ SSSDPPSASGIFAKEIDLPRNVIQHSGNKFILDVVPDSRFPTFAITEFVQRSFSNFTFEQ YSYVSPASLVGYLVYMIHAFVFLVDAFERSPMSAYASEIDASHAYLRIIDAFSDAYIPDF LFEILDTYLSHRLDIRSKLEMNVSYGSVLYKYDAPRIVAPSIFLLAHNQLISQSRESTAY EKWLDSIVIHYSRAVIRVGNLVGGLYQSSHGSTTTHFTYRNWFARSLSRLADSATHRTHL RRPMISEFDYNIPSVNNNTYNPYVHLLMLEPNNRNITLDFIRSLSSFCSTELKATRTLRD HISRRSAAISRCVIKGPEAPTWHSSPLDDLKEKSKQGNFSQFCEVAKFGLPRKENSESYT FKFPKDASTIDTAFYLIQENGRSSVLDPTTADEELHTEGMNLLFDPYDDESSAHYATVLS GKLIQNSNIDGETLLLPDPTTGLARTNSRYLQGSVLIRNVLPEFDQHEIRLFPRYPQISR LSASLTLLFNMRQVWIPRFKQKVDEQPKLSNFSWNEGCDGTVPSLNVVTAESSTNGPAAE QQVILWSSYRHVSNSDRPTVDTVYYYSTLELLFGTRSSMMQTYNLHQLLSLH