Частоты остатков в протеомах Escherichia coli (strain K12) и Atopobium parvulum DSM 20469
| Таблица 1. Информация о протеомах сравниваемых организмов | ||
| Организм | Atopobium parvulum DSM 20469 | Escherichia coli (strain K12) |
| Идентификатор протеома | UP000000960 | UP000000625 |
| Число последовательностей | 1353 | 4306 |
| Суммарное число аминокислотных остатков | 459227 | 1356086 |
Комментарий к таблице 1. В работе проводится сравнение частот аминокислотных остатков у бактерий Atopobium parvulum и Escherichia coli. У последней хорошо изучен геном, поэтому процентное соотношение различных аминокислотных остатков в её белках в целом характерно для бактерий. Результаты сравнения приведены в таблице 2.
| Таблица 2. Результаты сравнения протеомов | |||
| Аминокислотный остаток | Процентное содержание в A. parvulum | Процентное содержание в E. coli | Разность процентов |
| A | 9,54 | 9,52 | 0,02 |
| L | 9,40 | 10,67 | -1,27 |
| V | 7,79 | 7,07 | 0,72 |
| G | 7,26 | 7,37 | -0,11 |
| S | 6,72 | 5,80 | 0,92 |
| E | 6,55 | 5,76 | 0,79 |
| I | 6,18 | 6,01 | 0,17 |
| T | 5,95 | 5,40 | 0,55 |
| D | 5,90 | 5,15 | 0,75 |
| K | 5,10 | 4,41 | 0,69 |
| R | 4,72 | 5,51 | -0,79 |
| F | 3,96 | 3,89 | 0,07 |
| P | 3,92 | 4,43 | -0,51 |
| N | 3,84 | 3,95 | -0,11 |
| Q | 3,56 | 4,44 | -0,88 |
| Y | 2,95 | 2,85 | 0,10 |
| M | 2,44 | 2,82 | -0,38 |
| H | 1,97 | 2,27 | -0,30 |
| C | 1,28 | 1,16 | 0,12 |
| W | 0,98 | 1,53 | -0,55 |
| U | 0,00021776 | 0,00022123 | -3,47 * 10^(-6) |
Комментарий к таблице 2. Из результатов видно, что в четыре самых частых аминокислотных остатка входят одинаковые остатки у обоих организмов (A - аланин, L - лизин, V - валин и G - глицин). Аналогично для трёх, четырёх, пяти и даже шести самых редких остатков (Y - тирозин, M - метионин, H - гистидин, C - цистеин, W - триптофан, U - селеноцистеин). А самая большая процентная разность по абсолютной величине у остатка лейцина.
Разница между программами wordcount и compseq в Bash
Wordcount...
Compseq
.