Поиск негомологичной последовательности из шести с помощью построения выравнивания в JalView
Из базы данных Uniprot я скачала последовательности шести белков, краткая информация о которых представлена в таблице 1.
| Таблица 1. Информация о белковых последовательностях | |||
| Идентификатор | Организм | Длина последовательности в аминокислотных остатках | Белок и функция |
| B6IXI2_RHOCS | Rhodospirillum centenum | 122 | H белок системы расщепления глицина |
| M7TQX0_EUTLA | Eutypa lata | 176 | Предполагаемый H белок системы расщепления глицина |
| F8A8W8_THEID | Thermodesulfatator indicus | 143 | H белок системы расщепления глицина |
| A0A0A7RZY6_9GAMM | Frischella perrara | 112 | Белок из P-II семьи регуляции азота |
| Q38WL4_LACSS | Lactobacillus sakei subsp. sakei | 102 | Предполагаемая аминометилтрансфераза из семьи H белков системы расщепления глицина |
| D0LTV6_HALO1 | Haliangium ochraceum | 129 | H белок системы расщепления глицина |
С помошью программы JalView я составила выравнивание данных последовательностей и раскрасила по схеме BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%. После чего, стало очевидным, что последовательность с идентификатором A0A0A7RZY6_9GAMM не является гомологичной остальным, так как при её удалении из выравнивания резко возрастает чисто абсолютно и абсолютно функционально консервативных колонок. Также из таблицы 1 видно, что функция данного белка резко отличается от остальных, что подтвержает результаты исследования. Ниже представлено изображение выравнивания пяти гомологичных белков с раскраской по схеме BLOSUM62 с порогом по консервации 30%.
Вы можете скачать данное выравнивание в формате FASTA и MSF. Чтобы скачать весь проект, нажмите на ссылку.