Поиск белка производился в базе данных UniProtKB. Сначала я пытался найти какие-либо белки бактерии Gloeobacter morelensis MG652769, для которой я делал обзор в первом семестре, но мне не удалось найти ни одного белка этой бактерии. Тогда я попытался найти белки других бактерий рода Gloeobacter, введя в поисковую строку соответствующий запрос: (taxonomy_id:33071), получив при этом 8894 результата. Мною был выбран белок Шаперонин GroEL 2 бактерии Gloeobacter violaceus (штамм ATCC 29082 / PCC 7421), так как он достаточно хорошо аннотирован (оценка аннотации 3/5) и имеет, на мой взгляд, весьма интересную функцию.
Белок шаперонин GroEL 2 вместе со своим ко-шаперонином GroES играет важную роль в содействии сворачиванию белка. Система GroEL-GroES образует наноструктуру, которая позволяет инкапсулировать чужеродные субстратные белки и обеспечивает физическую среду, оптимизированную для содействия и ускорения сворачивания белка. Данный белок проявляет каталитическую активность, то есть является ферментом (код КФ:5.6.1.7, шаперониновая АТФаза).
1. (taxonomy_id:3028117) AND (ec:5.6.1.7) - найдено 1364 результата. Запрос был выполнен для того, чтобы понять насколько распространены у цианобактерий ферменты, катализирующие ту же реакцию, что и изучаемый белок. В ходе ознакомления с результатами в столбце "Protein Names", обнаружены названия только различных видов шаперонина GroEL. По количеству результатов поиска можно сделать вывод, что такие белки достаточно распространены среди цианобактерий. Вероятно, это может быть связано с тем, что исследуемые белки играют важную роль в сворачивании белков и из-за этого необходимы для нормальной работы цианобактериальной клетки.
2. (ec:5.6.1.7) AND (ft_coiled:*) AND (taxonomy_id:2) - найдено 10355 результатов. Этот запрос проведён для получения информации о том, имеют ли белки бактерий, катализирующие такую же реакцию, что и исходный белок, структурный элемент coiled-coil (спиральная катушка).
3. (taxonomy_id:2) AND (ec:5.6.1.7) NOT (taxonomy_id:3028117) - найдено 45496 результатов. Запрос выполнен для оценки распространёности ферментов у бактерий, ислючая Cyanophyceae, катализирующих ту же реакцию, что и изучаемый белок. При просмотре результатов в столбце "Protein Names", были найдены названия только различных видов шаперонина GroEL, из чего можно сделать вывод, что у бактерий только данный вид ферментов катализируют реакцию с кодом КФ:5.6.1.7. Также, исходя из количества результатов поиска, можно прийти к выводу, что различные виды шаперонина GroEL широко распространены у бактерий.