Главная cтраничка сайта

Первый семестр

Второй семестр

Особенности аминокислотного состава YESX_Bacsu

 1. Последовательность белка YESX_Bacsu в формате FASTA

>sp|936081|yesX_Bacsu|polysaccharide lyase
MKPKKRQMEYLTRGLIAVQTEQGVFVSWRFLGTDHETTAFHLYRDGKRITRDPIAEST NFLDQNGTADSVYQVAAVNKGREEKLSKKARVWQENVLEVPLAKPEGGVTPDGKPYTY SANDASVGDIDGDGEYEMILKWDPSNSKDNAHDGYTGEVLIDAYKLDGTFLWRINLGR NIRAGAHYTQFMVYDLDGDGKAEIAMKTADGTTDGKGHIIGDEQADFRNEQGRILSGP EYLTVFKGETGEALTTVEYEPPRGKLEDWGDGYGNRMDRFLAGTAYLDGERPSLVMAR GYYTRTVLVAYDFRNGRLKKRWVFDSNQPGHEAYAGQGNHSLSVADVDGDGKDEIIYG AMAVDHDGTGLYSTGLGHGDAMHVGDLDPSRKGLEVFQVHEDATKPYGLSLRDAGTGE ILWGVHAGTDVGRGMAAHIDPSYKGSLVWGIDPPGNDGMSYGLFTSKGEKISDKAPSS ANFAIWWDGDLVRELLDHDWDGTIGRPKIEKWDAENGCLKTIFQPAGVLSNNGTKGNP VLQANLFGDWREEVIWRTEDSSALRIYTTTHLTRHCFYTLMHDPVYRLGIAWQNTAYN QPPHTSFYLGTGMKKPPKPALYIAGSKAEAPL


2. Длина последовательности - 612 аминокислотных остатков
Подробнее см. книгу YESX_Bacsu.xls, лист protein_seq_input

3. Молекулярная масса белка YESX_Bacsu - 67594 a.e.м.
Подробнее см. книгу Credit2.xls, лист MW

4. Аминокислотный состав белка YESX_Bacsu
Самые частые аминокислотные остатки - G, D, L, A
Самые редкие аминокислотные остатки - C, M, W, Q
В белке содержится одинаковое число остатков A и L, K и E, P и S, F и N
Вычисления проведены с помощью, см. книгу YESX_Bacsu.xls, лист aa_frequencies
Подробнее см. книгу YESX_Bacsu.xls, лист aa_frequencies


5.Средний электрический заряд молекулы -12e.
Метод вычислений: Наименованиям аминокислот сопоставлена встечаемость их в белке, а также их средние значения зарядов. Далее каждой аминокислоте сопоставлен общий заряд всех таких же аминокислот в белке, как произведение встречаемости и заряда. Общий суммарный заряд белка посчитан через функцию СУММ последней коллонки общих средних зарядов каждой аминокислоты
Подробнее см. книгу Credit2.xls, лист Charge

6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis, а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии
Вывод: белок YESX_Bacsu скорее всего немембранный, так как в состав белка входит меньше гидрофобных аминокислотных остатков, чем их содержится в мембранных белках.
Подробнее см. книгу YESX_Bacsu.xls, лист HPhob_comparison, proteome, membrane


Ссылка на Google

Kodomo

© Сергеева Ирина 2009