Главная cтраничка сайта
Первый семестр
Второй семестр
Третий семестр
Комплексы ДНК-белок
Задание 1.
Упражнение 1:
Скприпт, выделяющий данные группы атомов.Упражнение 2:
Скприпт, выделяющий данные группы атомов.| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 13 | 14 |
| остатками фосфорной кислоты | 10 | 15 | 25 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 0 | 0 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 2 | 5 | 7 |
Упражнение 3: Схема ДНК-белковых контактов.
Упражнение 4:
а)G5 цепи С и G5 цепи B;б)Они же скорее всего, т.к имеют наибольшее значение.
Задание 2.
Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.
Предсказание было третье по счету в списке предложенных.
Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1QTQ.pdb
| Участок структуры |
Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5' 902-907 3' 5' 966-971 3' Всего 6 пар |
Предсказано 7 пар | Предсказано 7 пар |
| D-стебель | 5' 910-912 3' 5' 923-925 3' Всего 3 пары |
Предсказано 0 пар из 3 реальных | Предсказано 3 пары из 3 реальных |
| T-стебель | 5' 949-953 3' 5' 961-965 3' Всего 5 пар |
Предсказано 0 пар из 5 реальных | Предсказано 5 пар из 5 реальных |
| Антикодоновый стебель | 5' 926-933 3' 5' 937-944 3' Всего 8 пар |
Предсказано 0 пар из 8 реальных | Предсказано 5 пар из 8 реальных |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 7 | 20 |