Главная cтраничка сайта

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

Эволюционные домены. Pfam.


Занятие 6.


1.Выбираем две доменные архитектуры с доменом PF01839


Описание выбранного домена.
Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Клан
PF01839 FG-GAP Это семейство содержит экстрацеллюлярные повторы, которое было найдено в 7 копиях альфа-интегринов Эти повторы были предсказаны в структуре бета-пропеллера. FG-GAP повторы найдены в N-концевой цепи альфа-интегрина, этот участок важен для связывания лиганда. Предполагаемый Ca2+ связывающий мотив был найден в некоторых повторах. Это семейство является членом клана Beta_propeller (CL0186), которая имеет в сумме 39 членов.

FG-GAP повторы встречаются в Эукариотах (473 последовательности/91 вид), Бактериях (620 /210), Археях (8/6).
Выбраны 2 доменные организации (PF01839-PF08441) и (PF01839-PF01839):




Выбраны именно эти архитектуры, потому что они удовлетворяют всем условиям.
Доменная архитекрура (PF01839-PF08441)- FG-GAP+Integrin_alpha2 встречается в 43 последовательностях, а (PF01839-PF01839) FG-GAP x 2 в 94 последовательностях.
Можно также заметить, что альфа-интегрин встечается только в эукариотах, поэтому в первом случае берем выборку только из эукариот, а во втором возьмем из бектерий и эукариот.
FG-GAP x 2:

FG_GAP и Integrin_alpha2:

Ссылка на файл в формате Excel.

2.Общее выравнивание двух групп последовательностей в пределах домена. Выравнивание берется из БД Pfam.


Получили выравнивание:



3. Филогенетическое дерево.


Филогенетическое дерево:

Красным цветом отмечены организмы из второй группы, голубым - из первой группы, светло-коричневым - последовательности, которые выбиваются из общей картины.
Ссылка на файл со скобочной формулой.
Первая группа - это белки все из эукариот, а вторая группа частично эукариоты, частично бактерии. На дереве видно достаточно хорошо разделение на 2 группы по доменнным организациям.

Google

Kodomo

© Сергеева Ирина 2009-2011