Gene Ontology

Занятие 7.

I. Знакомство с терминологией GO

1. Опсиываем функцию белка RHAA_ECOLI с помощью аннотации Gene Ontology

Описание функции белка RHAA_ECOLI в соответствии с GO-аннотацией
	Онтология GO (название словаря)	Количество разных ассоциированных терминов GO	Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где?	cellular Component	1	цитоплазма
Зачем, для чего?	molecular Function	4	L- рамнозная изомеразная активность; Изомеразная активность; Связывание иона марганца; Связывание ионов металла;
Молекулярный механизм?	biological Process	1	Процесс метаболизма рамнозы

2. Описываем 3 термина GO, ассоциированных с белком RHAA_ECOLI

Описание терминов GO
GO ID выбранного термина	Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0019299	exact: rhamnose metabolism	is_a (inferred) biological_process (GO:0008150) is_a (inferred) metabolic process (GO:0008152) is_a (inferred) cellular process (GO:0009987) is_a (inferred) primary metabolic process (GO:0044238) is_a (inferred) carbohydrate metabolic process (GO:0005975) is_a (inferred) cellular metabolic process (GO:0044237) is_a (inferred) small molecule metabolic process (GO:0044281) is_a (inferred) alcohol metabolic process (GO:0006066) is_a (inferred) cellular carbohydrate metabolic process (GO:0044262) is_a (inferred) monosaccharide metabolic process (GO:0005996) is_a hexose metabolic process (GO:0019318)	rhamnose biosynthetic process (GO:0019300) rhamnose catabolic process (GO:0019301)
GO:0046872	narrow: heavy metal binding exact: metal binding	is_a (inferred) molecular_function (GO:0003674) is_a (inferred) binding (GO:0005488) is_a (inferred) ion binding (GO:0043167) is_a cation binding (GO:0043169)	alkali metal ion binding (GO:0031420) calcium ion binding (GO:0005509) lead ion binding (GO:0032791) magnesium ion binding (GO:0000287) metal chelating activity (GO:0046911) transition metal ion binding (GO:0046914)
GO:0005737	нет	part_of (inferred) cellular_component (GO:0005575) part_of (inferred) cell (GO:0005623) part_of (inferred) cell part (GO:0044464) part_of (inferred) intracellular (GO:0005622) s_a intracellular part (GO:0044424)	cytoplasmic part (GO:0044444) pole plasm (GO:0045495) sarcoplasm (GO:0016528)

См. граф к GO:0019299, GO:0046872, GO:0005737

II. Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

1. Определяем число реальных и гипотетических белков из таксона Корова.

Bos taurus
Cow
Корова
Taxonomy ID: 9913
Genbank common name: cattle
Inherited blast name: even-toed ungulates
Rank: species
Genetic code: Translation table 1 (Standard)
Mitochondrial genetic code: Translation table 2 (Vertebrate Mitochondrial)
Other names:
synonym: Bos primigenius taurus
synonym: Bos bovis
common name: cow
common name: bovine
common name: domestic cattle
common name: domestic cow
includes: Bovidae sp. Adi Nefas

Систематика:
cellular organisms; Eukaryota; Fungi/Metazoa group; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Coelomata; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos

Соотношение между реальными и гипотетическими белками из *Bos Taurus* (по данным UniProt)
	Количество в UniProt	Количество в UniRef100	Количество в Swiss Prot
Существование белка доказано экспериментально	1368	1388	1463
Известны только соответствующие транскрипты	11888	11700	5118
Гипотетический белок, предсказан по гомологии	2278	2235	618
Иные предсказанные гипотетические белки	17918	17541	314

III. Использование GO для работы с массовыми данными

1. Описание протеома бактерии Candidatus Carsonella ruddii PV, полный геном которой секвинирован, используя термины GO.

Характеристики:

Число белков протеома: 182;
Какому проценту записей приписан хоть один термин GO? 102%
Термины из каких словарей (функция, процесс, локализация) встречаются чаще (гистограмма)? F(54%)
Перечислите несколько самых часто встречающихся терминов из каждого словаря.
translation - P;
structural constituent of ribosome - F;
ribosome - C.
Удивило то, что терминов GO больше, чем самих белков и процент получился больше 100.

Гистограмма:

2. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Данная функция: биосинтез аминокислот (biosynthesis amino acid).
Был выбран результат: cellular amino acid biosynthetic process (GO:0008652).
Описание: Химические реакции и пути, приводящие в результате к образованию аминокислот, органических реакций, включающих одну или более аминокислотных остатков.
Словарь: биологический процесс (P).
Ссылка на файл EXCEL

Главная cтраничка сайта

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

Gene Ontology

Занятие 7.

I. Знакомство с терминологией GO

1. Опсиываем функцию белка RHAA_ECOLI с помощью аннотации Gene Ontology

Описание функции белка RHAA_ECOLI в соответствии с GO-аннотацией

2. Описываем 3 термина GO, ассоциированных с белком RHAA_ECOLI

Описание терминов GO

II. Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

1. Определяем число реальных и гипотетических белков из таксона Корова.

Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Bos Taurus (по данным UniProt)

III. Использование GO для работы с массовыми данными

1. Описание протеома бактерии Candidatus Carsonella ruddii PV, полный геном которой секвинирован, используя термины GO.

2. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Google

Kodomo

© Сергеева Ирина 2009-2011