Практикум 1: электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным

1. Построили электронную плотность вокруг белка. Для этого скачали два файла 2zuy.pdb и 2zuy.omap

2. Построили электронную плотность вокруг трех аминокислотных остатков, используя команду isomesh lys4_map, 2zuy_map, 1.0, resi 4, 0.5, к примеру для четвертого остатка лизина (для остальных аналогично), где lys4_map - это название новой карты для лизина, 2zuy_map - это название файла, содержащего информацию об электронной плотности, 1.0 - это уровень подрезки электронной плотности, resi 4 - это обозначение выделяемого множества, 0.5 - buffer.

• Для лизина (порядковый номер - 4)
  
  На первом рисунке изображен лизин с подрезкой 1.0, на втором изображена подрезка 1.0 - белым и подрезка 2.0 - розовым.

• Для пролина (порядковый номер - 253)
  
  На первом рисунке изображен пролин с подрезкой 1.0, на втором изображена подрезка 1.0 - белым и подрезка 2.5 - розовым.

• Для гистидина (порядковый номер - 330)
  
  На первом рисунке изображен гистидин с подрезкой 1.0, на втором изображена подрезка 1.0 - белым и подрезка 2.5 - розовым.

• Для пептида длиной три а.к. (порядковый номер - 599-601: а.к. справа на лево - pro599, ala600, leu601)
  
  На первом рисунке изображен пептид с подрезкой 1.0, на втором изображена подрезка 1.0 - белым и подрезка 2.0 - розовым.

3. Можно заметить, что если оставить подрезку электронной плотности, равную 2.75, то на примере остатка фенилаланина (25), увидим, что электронна плотность осталасть только на атомах и на равномерно распределена по бензольному кольцу.

 

© Мукосей Ирина, 2009-2012