Практикум 2: кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи)

1. Построили электронную плотность остатков аргинина (307 и 539). Для этого использовали команды, как в прошлом практикуме.

• Аргинин 307, уровень подрезки 1.0:
  

  
  

  На картинке видно, что мало того, что остаток плохо вписан в электронную плотность, так еще и его место положение не определено. К тому же, на заднем фоне тоже видна электорнная плотность, чем-то напоминающая остаток лизина, хотя исходя из структуры белка, лизин 307 находится на внешней поверхности белка.

• Аргинин 539, уровень подрезки 1.0:
  

  
  

  На картинке видно, что остаток хорошо вписан в электронную плотность.

2. Определяем группу симметрии и форму кристаллографической ячейки:

В 2zuy.pdb файле можно найти строчку, начинающуюся со слова "CRYST1":
CRYST1   72.853   88.070   99.304   90.00   90.00   90.00   P   21
либо на сайте PDB в графе Experimental Details найти аналогичную информацию. Итак, данные:

• Группа симметрии:
  

  •   Название - P;
  •   Порядок оси симметрии - 21   21   21

• Форма кристаллографической ячейки:
  

  •   Длины сторон параллелепипеда - 72.853   88.070   99.304;
  •   Углы между сторонами - 90.00   90.00   90.00.

3. Окружение белковой молекулы соседями по кристаллической решетке.

Получилась картинка:

Мой белок окрашен зеленым, остальные - разные оттенки красного. У белка восемь соседей.

4. Файл структурных факторов

С сайта файл структурных факторов.

Находим строчку _reflns.number_all   77178.
Это означает, что структурных факторов 77178.

В таблице находим данные по рефлексам:
min:   22;
max:   41182.

 

© Мукосей Ирина, 2009-2012