Практикум 3: рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема

1. Статью про структуру белка YesX можно скачать здесь.

2. Табличная информация о гомологах вашего белка в PDB
К сожалению, BLAST нашел только девять гомологов, один из которых - это мой белок. Поэтому я взяла белок 3TKA. Ссылка на статью.

Среди находок BLAST были выбрано 7 гомологов с различным процентом идентичности к белку 3TKA.
Была составлена таблица, содержащая информацию о полученнной выборке белков.

3. Краткое описание белка 3TKA.

Разрешение структурв - 2,25 Å
Фазовая проблема решена методом молекулярного замещения
R_work(%) = 18,4
R_free(%) = 23,4
Было построено выравнивание полной последовательности белка (из Uniprot) и белка, представленного в PDB файле.

Ссылка на файл с выравниванием.
Видно, что последовательность из PDB банка имеет дополнительный "хвост" на N-конце, содержащая 6 остатков гистидина. Вероятно, этот "хвост" использовался в экспериментальной части работы для выделения и очистки белка.

 

© Мукосей Ирина, 2009-2012