На главную страницу

PSI-BLAST

1.
ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Комментарии
MINC_ECOLI P18196 >5 162 0.005 0.005 - - - Расходится. Из-за высокого e-value в список попадают посторонние белки, которые тянут за собой своих гомологов.
SSRP_ECOLI P0A832 2 514 2e-10 2.9 514 3e-31 5.5 Очень хорошо сходится. Даже на второй итерации BLAST не находит ничего нового.
RP5M_RHIME P17625 4 15 0.005 0.12 25 8e-15 0.025 Почти все белки с не определенными функциями.
SODM_BACSU P54375 3 120 5e-09 0.20 120 2e-40 0.006 Уже после первой итерации список практически стабилизировался.


2. Если установить порог 0,001, список стабилизируется на 3-ей итерации. Так получается из-за того, что в список не попадают явно негомологичные последовательности.















©Умарова, 2009