Pfam

1. Доменная структура белка Sodm_BACSU по данным Pfam

   Cхема из Pfam:
   Пояснения к схеме
   №	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка Sodm_BACSU	Клан
   1.	PF00081	Sod_Fe_N	Семейство доменов названо по названию фермента супероксид дисмутазы, который разрушает токсичные радикалы. Это N-концевой участок,практически всегда связанный с С-концевым петлей.	2–90	-----
   2.	PF02777	Sod_Fe_C	C-концевой участок.	95–198	----

   
   
   
2. Домен Sod_Fe_N встречается в 1629 видах.

   Представленность домена PF00081 в организмах разных видов

   Таксон		Количество белков с доменом PF00081.
   Эукариоты	Зеленые растения	75
   	Грибы	144
   	Животные	160, в том числе человек
   	Остальные эукариоты	4
   Бактерии		1802
   Археи		52

3. Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

   №	PFAM ID	Bacillus subtilis
   1.	PF00081	6
   2	PF02777	6

   Белков с абсолютно такой же доменной организацией, что и заданный, нет, хотя все они очень похожи.
   
   
   
4. Доменные перестройки
   Домен PF00081 практически всегда находится слева от PF02777
   • A8SM36_9FIRM
     
   • B6QJV8_PENMQ
     
   • YTRE_LEPBI
     
   Доменные перестройки PF02777
   • Q9LU64_ARATH
     
   • Q1HG45_SPOSC
     
   
   
   
5. Выравнивание-затравка (seed) для PF00081
6. 
   
   Самый короткий мотив -- паттерн SOD_MN. Описан в PROSITE.
   Самый длинный -- SODismutase. Описан PIRSF.
   Cтруктурные подписи, интегрированные в interpro: 2rcv(A,B,C,D,E,F,G,H)
   Границы структурных доменов отличаются от границ доменов Pfam.
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   

   ---

   ©Умарова, 2009