Множественное выравнивание

1. Выравнивание в msf гораздо более наглядно, т.к соответствующие аминокислотные остатки стоят друг под другом.

   Для сравнения, выравнивания в форматах fasta и msf

2. В есть участки с повышенной долей консервативных позиций: 126-136 ( 126-136) , 79-1149-172 (148-171).
3. Выравнивание с помощью программы mafft очень похоже на выравнивание программой muscle, хотя содержание выравниваний слегка различается в тех местах, где выравнивается друг с другом небольшое количество а.к. Возможно, в этих местах выравнивание не несет биолгического смысла. Выравнивание программой edialign отличается наличием дополнительной информации о последовательностях; кроме того, соответствующие аминокислотные остатки расположены в выравнивании в столбик.
4. • consambig

     На выходе получается файл , в котором аминокислоты, консервативные для всех последовательностей, обозначены большими буквами, а маленькими буквами обозначены консервативные участки, в которых есть вставки/делеции, т.е. есть гэпы.

   • distmat

   Файл показывает степень родства последовательностей. Чем меньше число, тем ближе последовательности.
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   

   ---

   ©Умарова, 2009