Элементы вторичной структуры:
Альфа-спиралей - 10
Бета-тяжей - 6
Бета-повортов - 18
Белок относится к альфа+бета-белкам, так как спирали и тяжи чередуются нерегулярно.
Выбор элементов вторичной структуры
Альфа-спираль 69-87 а.о Антипараллельные бета-тяжи 130-137 а.о.;140-147 а.о. Параллельные бета-тяжи 140-147 а.о.;161-164 а.о. Бета-поворот 148-149 а.о
Свойства альфа-спирали
Самые часто встречающиеся водородные связи возникают между атомами азота i-ого остатка и атомами кислорода i-4-го остатка - (i;i-4) или атомами кислорода i-3-го остатка (i;i-3).
Атомы CB расположены примерно под одинаковым углом к альфа-спирали. Смотреть скрипт
Свойства бета-тяжей
Атомы CB выходят попеременно из плоскости тяжей в "нашу" и "заднюю" полуплоскость.
Свойства бета-поворота
Поворот образуют Asn 148 и Gln 149. Поворот не скреплен дополнительными связями
©Умарова, 2009