На главную страницу

Общие представления о филогенетических деревьях


Отобранные бактерии:


Название Мнемоника
Bacillus anthracis BACAN
Bacillus subtilis BACSU
Clostridium botulinum CLOB1
Clostridium tetani CLOTE
Finegoldia magna FINM2
Geobacillus kaustophilus GEOKA
Lactobacillus delbrueckii LACDA
Listeria monocytogenes LISMO

Скобочная формула:


(((CLOTE,CLOB1),FINM2),((((BACCAN,BACSU),CEOKA),LISMO),LACDA))

Изображение дерева:


Нетривиальные ветви:


{CLOTE,CLOB1} против {FINM2,BACCAN,BACSU,GEOKA,LISMO,LACDA}
{BACCAN,BACSU} против {CLOTE,CLOB1,FINM2,GEOKA,LISMO,LACDA}
{CLOTE,CLOB1,FINM2} против {BACCAN,BACSU,GEOKA,LISMO,LACDA}
{BACCAN,BACSU,GEOKA} против {CLOTE,CLOB1,FINM2,LISMO,LACDA}
{BACCAN,BACSU,GEOKA,LISMO} против {CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA}

Реконструкция филогенетических деревьев


  1. Таксономия:

    Bacillus anthracis (BACAN): Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
    Bacillus subtilis (BACSU): Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
    Clostridium botulinum (CLOB1): Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
    Clostridium tetani (CLOTE): Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
    Finegoldia magna (FINM2): Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiales incertae sedis; Clostridiales Family XI. Incertae Sedis; Finegoldia
    Geobacillus kaustophilus (GEOKA): Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
    Lactobacillus delbrueckii (LACDA): Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
    Listeria monocytogenes (LISMO): Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria

    2) Выбранная фунция - EFG



    5) fprotpars





    Дерево отличается от правильного по следующим ветвям:
    {BACSU,LISMO} против {BACCAN,GEOKA,CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA} вместо {BACSU,BACCAN} против {LISMO,GEOKA,CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA}
    {BACCAN,BACSU,LISMO} против {GEOKA,CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA} вместо {GEOKA,BACSU,BACCAN} против {LISMO,CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA}

    6) fprotdist

             BACAN    BACSU      CLOB1     CLOTE    FINM2      GEOKA    LACDA     LISMO
BACAN  0.000000  0.133616  0.399930  0.404516  0.402205  0.155204  0.391495  0.186157
BACSU  0.133616  0.000000  0.389758  0.407988  0.434245  0.182882  0.379558  0.158052
CLOB1  0.399930  0.389758  0.000000  0.223935  0.417121  0.389762  0.503141  0.424831
CLOTE  0.404516  0.407988  0.223935  0.000000  0.434821  0.410978  0.526650  0.408501
FINM2  0.402205  0.434245  0.417121  0.434821  0.000000  0.439417  0.583203  0.445302
GEOKA  0.155204  0.182882  0.389762  0.410978  0.439417  0.000000  0.362010  0.203891
LACDA  0.391495  0.379558  0.503141  0.526650  0.583203  0.362010  0.000000  0.397125
LISMO  0.186157  0.158052  0.424831  0.408501  0.445302  0.203891  0.397125  0.000000

    Аксиома ультраметричности(d (A,B) ≤ max(d (A,C), d (B,C)))
    (d (FINM2,CLOTE) ≤ max(d (FINM2,CLOB1), d (CLOTE,CLOB1)))
    0.434821 ≤ max(0.417121,0.223935) - данное неравенство неверно или верно, если предположить погрешность, которая в данном случае равна 4%.

    1) d(CLOTE,FINM2) + d(LISMO,LACDA)
    0.434821 + 0.397125 = 0.831946
    2) d(CLOTE,LISMO) + d(FINM2,LACDA)
    0.408501 + 0.583203 = 0.991704
    3) d(CLOTE,LACDA) + d(FINM2,LISMO)
    0.526650 + 0.445302 = 0.971952
    Мне кажется, что аксиома аддитивности выполняется с погрешностью.

    7) fneighbor


    Neighbor-Joining

    Дерево отличается от правильного по следующим ветвям:
    {{BACSU,LISMO} против {BACCAN,GEOKA,CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA} вместо {BACSU,BACCAN} против {LISMO,GEOKA,CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA}
    {BACCAN,BACSU,LISMO} против {GEOKA,CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA} вместо {GEOKA,BACSU,BACCAN} против {LISMO,CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA}

    UPGMA

    Дерево, построенное по алгоритму UPGMA, не отличается от правильного.














    ©Умарова, 2009-2012