Алгоритмы реконструкции деревьев
1) Укоренение в среднюю точку
Программа retree:
Программа fprotpars:
Дерево имеет те же неправильные ветви, что и дерево построенное с помощью fprotpars, но укоренилось в другую точку. И эта точка образует правильные ветви( {GEOKA,BACCAN,BACSU,LISMO,LACDA} против {CLOTE,CLOB1,FINM2} ). Снизу привожу для сравнения правильное дерево.
2) Использование внешней группы
Укоренение произошло неправильно, но рядом с правильной точнкой. Вместо ветвей {GEOKA,BACCAN,BACSU,LISMO,LACDA} против {CLOTE,CLOB1,FINM2} образовались {CLOTE,CLOB1,GEOKA,BACCAN,BACSU,LISMO,LACDA} против {FINM2}
3) Бутстрэп
CONSENSUS TREE:
+-----------------------------------------------BACSU/1-69
|
| +-------CLOTE/1-69
| +--100.0-|
| +--99.0-| +-------CLOB1/1-68
+-------| | |
| | +--87.2-| +---------------FINM2/1-69
| | | |
| | +--61.2-| +-----------------------LACDA/1-69
| | | |
| +--70.3-| +-------------------------------GEOKA/1-69
| |
| +---------------------------------------BACAN/1-69
|
+-------------------------------------------------------LISMO/1-69
Данное дерево содержит следующие неправильные ветви:
{CLOTE,CLOB1,FINM2,LACDA,GEOKA} против {BACSU,BACAN{BACSU,LISMO} против {BACAN,GEOKA,LACDA,FINM2,CLOB1,CLOTE}
Программой были отброшены следующие правильные ветви:
......** 21.83
.*....** 1.00
Расшифровка:
1. LISMO/1-69
2. GEOKA/1-69
3. LACDA/1-69
4. FINM2/1-69
5. CLOTE/1-69
6. CLOB1/1-68
7. BACSU/1-69
8. BACAN/1-69
©Умарова, 2009-2012