Программа BLAST.

Главная

Поиск гипотетических гомологов YESU_BACSU в разных банках

  Поиск по Swiss-Prot Поиск по PDB Поиск по "nr"
1. Лучшая находка
Accession O31524.1 1OQ1 A NP 388584.1
E-value 2e-129 7e-125 4e-128
Вес (в битах) 461 442 461
Процент идентичности 100% 99% 100%
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено?
(число находок в списке описаний с E-value < 1e-10) 		1 1 19
3. Последняя в выдаче находка с E-value < 1
Номер находки в списке описаний 2 1 20
Accession O74369.2 1OQ1 A YP 003093095.1
E-value 0.65 7e-125 9e-06
Вес (в битах) 34.3 442 57.4
Процент идентичности 33% 97% 28%
Процент сходства 42% 97% 42%
Длина выравнивания 75 218 171
Координаты выравнивания 70-145 для O31524, 5-80 для O74369.2 2-220 для O31524, 5-223 для 1OQ1 A 48-219 для O31524, 124-283 для YP 003093095.1
Число гэпов 0 0 9%

Исходный белок можно найти в банке SwissProt, а его структуру в банке PDB. В "nr" был найден другой AC, который, однако, входит в кластер белков из разных штаммов Bacillus Subtilis, следовательно является исходным белком.

В SwissProt и PDB найден только один явный гомолог, в то время как в "nr" их значительно больше. Это объясняется тем, что в "nr" содержатся все возможные белковые последовательности из разных источников.

Всего было найдено в банке SwissProt 11 возможных гомологов (E-value последнего: 9.6), в банке PDB 9 (E-value последнего: 8.0), а в "nr" 32 (E-value последнего: 8.5). Число находок было лимитировано значением E-value=10.

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам.

Гомологов с E-value<0,001 среди данных таксонов найдено не было. Ближайший гомолог (E-value=0.023) был найден у Bacillus anthracis (другого вида того же рода).
Accession Q81LU1.1
E-value 0.023
Вес (в битах) 30.0
Процент идентичности 29%
Процент сходства 45%
Длина выравнивания 62
Координаты выравнивания 80-138 для O31524, 78-139 для Q81LU1.1
Число гэпов 5%

Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.

Оптимальные выравнивания получены следующими программами:

Выравнивание в BLASTP:

Query  80   AAAGIRGEDLFDP---SLRKRTGTYPEYHSGDINALHLSYFRRKYAEERAFRTCNLRKSR  136
            A  G+   D+  P    + + TG  P Y  G +  L   YF++  A E A +  + R +R
Sbjct  78   AKEGVEAYDIIGPLIDQIEEITGQVPRYEPGVVRRLDEEYFKKIEAIEFAVKYDDGRDAR  137

Query  137  GF  138
            G 
Sbjct  138  GI  139

Оптимальное полное выравнивание:

YESU_BACSU         1 MYKEGACLYRNPLRSKSDVKDWRMEGG-GQISFDDHSLHLSHVQDEAHFV     49                                                    
                       .:...:| ....|..:..|..:... ||..|......:.:|:|.....         
Y4520_BACAN        1 --MDNKIVY-VVSDSVGETADLVVRAAMGQFPFAPDIRRVPYVEDTGTLK     47  
                                                                                
YESU_BACSU        50 FWCPETFPDGIIVTWDFSPIEQPGLCMLFFAAAGIRGEDLFDP---SLRK     96  
                     ........:..::.:.....:.....:...|..|:...|:..|   .:.:         
Y4520_BACAN       48 EVISIAKSNQALICFTLVKPDMRQYLVTEAAKEGVEAYDIIGPLIDQIEE     97  
                                                                                
YESU_BACSU        97 RTGTYPEYHSGDINALHLSYFRRKYAEERAFRTCNLRKSRGFHLAAMGAD    146  
                     .||..|.|..|.:..|...||::..|.|.|.:..:.|.:||...|.:..          
Y4520_BACAN       98 ITGQVPRYEPGVVRRLDEEYFKKIEAIEFAVKYDDGRDARGILKADIVL-    146  
                                                                                
YESU_BACSU       147 PLPSPDDADSPYRMKLIKDKGYVHFSINGLPILEWMD---------DGST    187  
                      :.....:.:|....|..:|   ...:..:|::..:|         ....         
Y4520_BACAN      147 -IGISRTSKTPLSQYLAHNK---RLKVANVPLVPEVDPPEELYQVAKEKC    192  
                                                                                
YESU_BACSU       188 YGPVLTKGKIGFRQMAPMKAV-YRDFAVHQAVRR----------------    220  
                     :|..:|..|:...:...:|:: ..|.|.:..:.|                         
Y4520_BACAN      193 FGLKITPEKLNHIRKERLKSLGLSDGATYANINRIKEEIDHFENVVSKIN    242  
                                                                                
YESU_BACSU       220 ----------------------------    220                        
                                                                                
Y4520_BACAN      243 CQVIDVSNKAIEETANIIVNAVQNQKMF    270

Оптимальное частичное выравнивание:

YESU_BACSU        80 AAAGIRGEDLFDP---SLRKRTGTYPEYHSGDINALHLSYFRRKYAEERA    126                        
                     |..|:...|:..|   .:.:.||..|.|..|.:..|...||::..|.|.|       
Y4520_BACAN       78 AKEGVEAYDIIGPLIDQIEEITGQVPRYEPGVVRRLDEEYFKKIEAIEFA    127
                                                                              
YESU_BACSU       127 FRTCNLRKSRG    137                                       
                     .:..:.|.:||                                              
Y4520_BACAN      128 VKYDDGRDARG    138

Оптимальное частичное выравнивание в отличие от выравнивания в BLASTP короче на один последний столбец не сходных аминокислот, за счет чего процент идентичности и сходства оптимального выравнивания становится чуть больше. Вес оптимального частичного выравнивания, тем не менее, меньше на 1.0, чем вес выравнивания в BLASTP. Локальное выравнивание и выравнивание в BLASTP совпадают с участком полного выравнивания.

©Гущина Ирина