Программа MEME.

Поиск мотивов программой MEME

Было найдено 3 мотива, как и было запрошено командой ememetext (-nmotifs 3).

Первый и третий мотивы встречаются во всех 6 последовательностях, а второй - во всех, кроме YP_003093095.1 и XP_003005552.1.

Мотив 1:

• Координаты в YESU_BACSU: 64-113
• P-value в YESU_BACSU: 2.08e-50
• Длина: 50
• E-value: 9.1e-072
• Участок выравнивания:



• Выравнивание в MEME совпадает с выравниванием в MUSCLE

Мотив 2:

• Координаты в YESU_BACSU: 115-149
• P-value в YESU_BACSU: 4.60e-40
• Длина: 35
• E-value: 2.3e-046
• Участок выравнивания:



• Выравнивание 4 последовательностей, содержащих мотив, в MEME совпадает c выравниванием этих последовательностей в MUSCLE. Гэпы в выравнивании MUSCLE возникают из-за введения двух других последовательностей

Мотив 3:

• Координаты в YESU_BACSU: 187-215
• P-value в YESU_BACSU: 4.58e-29
• Длина: 29
• E-value: 5.4e-035
• Участок выравнивания:



• В выравнивании MEME, в отличие от выравнивания MUSCLE, нет гэпов. В тех местах, где в MUSCLE есть гэпы, в MEME последовательности смещены вправо

Поиск найденных мотивов в других последовательностях с помощью программы MAST

Мотивы 1 и 2 нашлись во всех 3 последовательностях, имевшихся в выравнивании seed домена PF09224, мотив 3 - ни в одной из последовательностей.

Выравнивание из Pfam соответствует первому и второму мотиву. В участке выравнивания, отвечающем мотиву 3 не хватает одной аминокислоты на С-конце, и имеются гэпы, поэтому, возможно, мотив 3 и не распознан программой MAST.

Выравнивание "seed":