| Cхема из Pfam: |
|||||
| Пояснения к схеме | |||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в последовательности белка YESU_BACSU | Клан |
| 1. | PF09224 | DUF1961 | Домены с неизвестной функцией. Встречаются у ряда гипотетических бактериальных белков. | 3-214 | В Pfam сейчас более 3000 DUF семейств, что составляет 20% всех известных семейств. |
Домен DUF1961 входит в 1 архитектуру.
Последовательность известна для 11 белков, содержащих домен.
Пространственная структура определена для 1 белка, содержащего домен, - YESU_BACSU.
Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену:
Для изучения представленности различных доменов у разных организмов была выбрана архиректура белка RSBU_BACSU, содержащая 2 домена.
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF07228.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 74 |
| Грибы | 99 | |
| Животные | 104 | |
| Остальные эукариоты | 12 | |
| Археи | 17 | |
| Бактерии | 3260 | |
| Вирусы | 0 | |
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF08673.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 0 |
| Грибы | 0 | |
| Животные | 0 | |
| Остальные эукариоты | 0 | |
| Археи | 0 | |
| Бактерии | 120 | |
| Вирусы | 0 | |
Домен PF07228 широко распространен у различных групп организмов, в основном у бактерий, не встречается только у вирусов, в то время как домен PF08673 имеется только у сравнительно небольшого числа бактерий.
| № | PFAM ID | Bacillus subtilis |
| 1. | SpoIIE | 4 |
| 2. | RsbU_N | 1 |
У Bacillus subtilis данные домены встречаются довольно редко, белков с точно такой же доменной организацией, что и заданный белок, нет.
Домен PF07228 (SpoIIE) часто встречается на С-конце белков, но первая по встречаемости архитектурная перестройка состоит только из этого домена.
RSBX_BACSU: 
A8DJG8_9BACT: 
Домен PF08673 (RsbU_N) встречается только на N-конце, но также была найдена одна архитектурная перестройка, содержащая только этот домен.
C6CWC8_PAESJ: 
Q2FWJ0_STAA8: 