Psi-BLAST.

Главная

Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для четырёх аминокислотных последовательностей

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
YESU_BACSU O31524 1 1 2e-129 0,65 Произошла ошибка: не достаточно выравниваний для создания итерации (Not enough alignments left to set up the Psi-Blast iteration)
MINC_ECOLI P18196 5 161 0,004 0,006 886 2e-05 0,15
SSRP_ECOLI P0A832 2 514 3e-10 5,6 514 5e-31 0,36
RP5M_RHIME P17265 4 14 0,001 0,12 25 9e-15 0,14

Разрыв между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей ниже порога для P18196 от итерации к итерации меняется не равномерно: во второй итерации он увеличился, в третьей и четвертой уменьшался, в пятой - значительно увеличился. Для P0A832 разрыв уменьшился. Для P17265 во второй итерации разрыв увеличился, затем уменьшился, потом опять увеличился.

E-value самой лучшей находки во всех случаях постепенно увеличивается.

Для P18196 был проведен поиск при пороге 0,001. Теперь список стабилизировался на третьей итерации, так как при уменьшении порога требования к находкам становятся строже. При пороге 0,002 и 0,003 список стабилизируется на четвертой итерации.


©Гущина Ирина