Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями.

Главная

Поиск гомологов белка YESU_BACSU в геноме B. licheniformis

Число находок с E-value < 0,001 1
E-value лучшей находки 9e-78
Название последовательности с лучшей находкой embl|AE017333|AE017333 Bacillus licheniformis DSM 13, complete genome
Координаты лучшей находки от 1367523 до 1368191
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой 99%

Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

Заданная нуклеотидная последовательность присутствует в записи EMBL EM_PRO:AB001284 и является фрагментом гена crtB из Arthrospira platensis, кодирующего фитоен синтазу.

Её координаты 520-699, она соответствует самой записи.

В поле FT полученной записи EMBL описан участок, включающий данную последовательность. Это собственно ген crtB, его направление прямое относительно заданной последовательности.

Поиск гомологов гена программой BLASTN

Число находок с E-value < 0,001 1
E-value лучшей находки 7e-45
Название последовательности с лучшей находкой embl|AE017333|AE017333 Bacillus licheniformis DSM 13, complete genome
Координаты лучшей находки от 1367663 до 1368154
Процент нуклеотидной последовательности, вошедший в выравнивание с лучшей находкой 74%

Поиском с использованием фрагмента ДНК была найдена та же нуклеотидная последовательность, что и при поиске по белку, однако значительно урезанная по краям.


©Гущина Ирина