zap
load 1QTQ_RNA.PDB
select all
color grey
backbone 100
wireframe off
select 902-907:B, 966-971:B
color red
select 949-953:B, 961-965:B
color green
select 910-912:B, 923-925:B
color blue
select 926-933:B, 937-944:B
color orange
background white
Для исследования была выбрана цепь B, представляющая тРНК GLN II со следующей последовательностью:
[901] 5'-UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA-3' [976]
В последовательности на 3'-конце имеется триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота. Координаты его атомов приведены в pdb-файле, наряду с координатами всех других атомов.
В соответствии с полученными данными акцепторный стебель состоит из участка 902-907 и комплементарного ему участка 966-971,
Т-стебель: 949-953 и 961-965,
D-стебель: 910-912 и 923-925,
антикодоновый стебель: 926-933 и 937-944.
Изображение остова исследуемой тРНК, где акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжевым.
|
Рис.1. Вторичная структура тРНК GLN II из Escherichia coli
|
Скрипт для получения изображения:
zap load 1QTQ_RNA.PDB select all color grey backbone 100 wireframe off select 902-907:B, 966-971:B color red select 949-953:B, 961-965:B color green select 910-912:B, 923-925:B color blue select 926-933:B, 937-944:B color orange background white |
Пара C944-A926:
Присутствует вариабельная петля: 945-948.
Тимидин в Т-петле и дигидроуридины в D-петле отсутствуют.
Присутствуют многочисленные дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру.
Между основаниями конца акцепторно стебля и начала Т-стебля возможно стекинг- взаимодействие: площадь "перекрывания" 2-х последовательных пар азотистых оснований A907-U966 и C949-G965 составляет 8.18( 4.11), что сравнительно много (максимальное значение 12.28( 7.87), минимальное 0.00( 0.00)).
Наложение оснований:
Дополнительные водородные связи между основаниями D- и Т-петель: U954-A958, U955-G918, G919-C956, т.е. 2 неканонические и 1 каноническая пара.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5' 902-907 3' 5' 966-971 3' Всего 6 пар |
Предсказано 7 пар (еще 901-965) |
5' 901-907 3' 5' 965-971 3' Всего 7 пар |
| D-стебель | 5' 910-912 3' 5' 923-925 3' Всего 3 пары |
Ни одна пара не предсказана |
5' 910-912 3' 5' 922-924 3' Всего 3 пары |
| T-стебель | 5' 948-952 3' 5' 961-965 3' Всего 5 пар |
Ни одна пара не предсказана |
5' 949-953 3' 5' 960-964 3' Всего 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 5' 926-933 3' 5' 937-944 3' Всего 8 пар |
Ни одна пара не предсказана |
5' 926-930 3' 5' 938-942 3' Всего 5 пар |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 7 | 20 |
Программа einverted начала находить инвертированные повороты только при значениях параметра "Minimum score threshold" меньших 20 (последовательно подстанавливались значения равные 50, 40, 30 и т.д.). При этом даже при значении этого параметра равного 1, были получены данные только для акцепторного стебля.
Изображение получено с помощью online-версии программы mfold. Параметру P последовательно придавались значения 5, 10, 15 и т.д. При P=30, результатов стало так много, что изображения перестали отображаться на основной странице результатов, поэтому дальнейшего увеличения параметра P не производилось. Однако при P=15 было получено предсказание, наиболее близкое к реальной структуре. Оно незначительно отличается от реальной структуры засчет исключения возможности неканонических взаимодействий.