A-, B-, Z-формы ДНК.

Главная

Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.

Большие и малые бороздки.

В B-форме ДНК у тимина 15 цепи А атомы С4, С5, С6, С5М и О4 обращены в сторону большой бороздки, а атомы N1, C2, N3 и O2 - в сторону малой бороздки.

В А-форме ДНК все основания обращены в сторону большой бороздки, в том числе и тимин 15. В сторону малой бороздки не обращены в явном виде, но повернуты атомы T15.C4, T15.C5, T15.C6, T15.C5M и T15.O4.

В Z-форме ДНК присутствуют только цитозин и гуанин. Рассмотрим цитозин, потому что, так же как и тимин, он является пиримидиновым основанием. В сторону малой бороздки направлены атомы C6.C5 и C6.C6, в сторону большой - C6.C2, C6.N3 и С6.O2, а атомы С6.N1, С6.C4 и С6.N4 находятся примерно посередине.

Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.

	А-форма	В-форма	Z-форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.50
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	16.81 (по аденину)	17.21 (по гуанину)	7.20 (по гуанину)
Ширина малой бороздки (Å)	7.98 (по аденину)	11.69 (по аденину)	18.30 (по цитозину)

Сравнение торсионных углов в структурах А- и В-форм.

	α (P-O5')	β (O5'-C5')	γ (C5'-C4')	δ (C4'-C3')	ε (C3'-O3')	ζ (O3'-P)	χ (C1'-N)
А-ДНК	-51.68^o	174.79^o	41.73^o	79.05^o или -161.74^o	100.35^o	-75.10^o	-94.92^o
В-ДНК	-29.91^o	136.33^o	31.16^o	143.34^o или -92.87^o	105.81^o	-160.49^o	-34.34^o

Полученные значения торсионных углов сильно отличаются от значений, приведенных в презентации, так как углы измерялись для тимина, а не для гуанина. Однако соотношение между углами А- и В-форм ДНК примерно соответствует такому соотношению для гуанина: углы α, β, γ, χ острее в В-форме, углы δ и ξ острее в А-форме.