Вид, в геноме которого следует искать последовательность - Homo sapiens - задан по умолчанию, однако есть возможность выбора из большого числа видов. Нуклеотидная база данных была оставлена по умолчанию - LATESTGP, в качестве инструмента поиска оставлен предлагаемый сайтом BLAT. Есть возможность изменения чувствительности поиска, но не в количественном выражении (напр. e-value), а в описательном ("полное совпадение", "почти полное совадение" и т.д.).
В результате поиска была получена страница с результатами "Display", однако по алгоритму действий ей предшествуют страницы "Configure" и "Results", где нужно только подтвердить желание провести поиск, что не совсем понятно. Возможно, для выполнения некоторых задач требуется изменение параметров на этих страницах.
На странице "Display" показано расположение в геноме человека последовательностей, сходных с данной: в "большом масштабе" в хромосомах, графический вид выравнивания, где наглядно видно соотношение длин выравниваний с разными находками, и в табличном виде, представляющем наибольший интерес.
Здесь возможен выбор отображаемых параметров, таких как начало, конец, длина входных и выходных последовательностей, статистические параметры выравниваний. Не совсем понятно, что представляют собой последовательности Supercontig, Clone, Contig и Lrg, для которых тоже предлагается выбрать параметры.
В крайней левой колонке таблицы есть ссылки на выравнивание, на участок генома, в котором найден схожий с данным ген, и на страницу "Contig view". Вторая ссылка мне показалась очень полезной, так как там показано взаимное расположение сходного с данным участка и известных экзонов. Таким образом можно понять, имеет ли находка какое-либо функциональное значение.
Также в таблице есть ссылки на страницы хромосом, в которых найдены последовательности. Мне раньше не приходилось встечаться с такой систематизированной информацией о хромосомах человека, и поэтому эти страницы тоже показались очень полезными.
На странице "Contig view" приведены три картинки, на первой из которых отмечен участок хромосомы, где однаружена искомая последовательность, на второй детально визуализирован этот участок: гены, кодирующие белки и РНК, возможные гены и др., на третьей - их интроны, экзоны, кодируемые белки и процент CG пар, определяющий устойчивость молекулы. Картинки интерактивные, при нажатии на структуры, изображенные на них, появляется краткое описание этих участков. Также возможно изменение масштаба, продвижение влево и вправо по хромосоме. Имеются удобные ссылки для экспорта картинок. С помощью информации, приведенной на этой странице, можно определить принадлежность введеной последовательности какому-нибудь известному гену.