Классификация ферментов.

Главная

Сбор информации о ферменте CACP_HUMAN

EC 2.3.1.7
2 - трансфераза
3 - ацетилтрансфераза
1 - перенос не аминоацильных, а других групп
7 - карнитин О-ацетилтрансфераза
Реакция:

Acetyl-CoA + carnitine <=> CoA + O-acetylcarnitine

Сохранение функции фермента у белков со сходными последовательностями

Было найдено 1360 трансфераз мыши. Из них 170 ацетилтрансфераз, 150 выполняют функцию переноса не аминоацильных, а других групп, 4 карнитин О-ацетилтрансферазы. Результаты получены из таблицы находок в SRS с использованием программы grep -c.

Программой blastp -query cacp.fasta -db mus -evalue 10 -out cacp_mus1 было найдено 11 белков, сходных с CACP_HUMAN, из них 7 можно считать достоверными гомологами судя и по e-value, и по схожести функции и EC-кодов.

Сохранение функции в зависимости от позиции находки в выдаче blastp:

Номер в выдаче blastp	ID белка	Название (функция)	E-value	EC-код
1	CACP_MOUSE	Carnitine O-acetyltransferase;	0.0	2.3.1.7
2	CLAT_MOUSE	Choline O-acetyltransferase;	4.00E-143	2.3.1.6
3	OCTC_MOUSE	Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase;	4.00E-87	2.3.1.137
4	CPT1B_MOUSE	Carnitine O-palmitoyltransferase 1, muscle isoform;	4.00E-79	2.3.1.21
5	CPT1A_MOUSE	Carnitine O-palmitoyltransferase 1, liver isoform;	7.00E-78	2.3.1.21
6	CPT2_MOUSE	Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial;	3.00E-76	2.3.1.21
7	CPT1C_MOUSE	Carnitine O-palmitoyltransferase 1, brain isoform;	2.00E-68	2.3.1.21
8	ACLY_MOUSE	ATP-citrate synthase;	0.052	2.3.3.8
9	LRRK1_MOUSE	Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1;	2.8	2.7.11.1
10	SPEG_MOUSE	Striated muscle-specific serine/threonine-protein kinase;	3.8	2.7.11.1
11	COX10_MOUSE	Protoheme IX farnesyltransferase, mitochondrial;	4.6	2.5.1.-