Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Анализ деревьев, содержащих паралоги.

Главная

Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям.

НазваниеAC записей EMBL,
описывающих полные геномы		Координаты рРНК
Bacillus anthracisAE0172259336-10845
Bacillus subtilisAL0091269810-11364
Clostridium botulinumCP0007269282-10783
Clostridium tetaniAE0152978715-10223 (complement)
Enterococcus faecalisAE016830248466-249987
Finegoldia magnaAP008971197837-199361
Geobacillus kaustophilusBA00004310421-11973
Lactobacillus acidophilusCP00003359255-60826

Выравнивание последовательностей 16S рибосомальной РНК данных бактерий, построенное с помощью muscle, было подано на вход программе fdnadist, а полученная матрица расстояний - программе fneighbor.

Дерево отличается от правильного только отсутствием ветви {CLOTE,CLOB1,FINM2,BACAN,BACSU,GEOKA}vs{LACAC,ENTFA} и наличием ветви {CLOTE,CLOB1,FINM2,LACAC}vs{BACAN,BACSU,GEOKA,ENTFA}. Оно лучше, чем некоторые деревья, построенные по белкам (например, методом максимальной экономии), но такое отличие от правильного дерева встречается впервые.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Из файла, содержащего записи банка UNIPROT, относящиеся ко всем заданным бактериям, была создана база данных для проведения поиска программой blastp гомологов белка CLPX_BACSU в выбранных бактериях. 19 из найденных во всех бактериях гомологов (включая сам CLPX_BACSU) относились к выбранным восьми бактериям. Их последовательности были найдены в Swissprot (для Finegoldia magna только в Uniprot) и выровнены. С помощью программ fprotdist и fneighbor построено их дерево:

Ортологи: HSLU_LACAC и HSLU_ENTFA, CLPX_CLOTE и CLPX_CLOB1, CLPX_GEOKA, CLPX_BACSU и CLPX_BACAN.

Паралоги: B0S222_FINM2 и B0S0E3_FINM2.

©Гущина Ирина