Онтологии.

Главная

Описание функции белка YUAD_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

	Онтология GO (название словаря)	Количество разных ассоциированных терминов GO	Функция белка
Зачем, для чего?	biological process	3	метаболический процесс
Молекулярный механизм и специфичность	molecular function	3	1)связывание иона металла 2)связывание витамина

Описание трех терминов GO, ассоциированных белком

GO ID выбранного термина	Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0003824 (каталитическая активность)	ферментативная активность	is a: молекулярная функция (GO:0003674) part of: метаболический процесс (GO:0008152)	Например (всего 32): is a: лигазная активность (GO:0016874) regulates: фермент-регулирующая активность (GO:0030234) positively regulates: положительная регуляция каталитической активности (GO:0043085) negatively regulates: отрицательная регуляция каталитической активности (GO:0043086)
GO:0030151 (связывание иона молибдена)	связывание молибдена	is a: связывание ионов переходных металлов (GO:0046914)
GO:0030170 (связывание пиридоксал фосфата)		is a: связывание витамина B6 (GO:0070279) is a: связывание кофактора (GO:0048037)

GO:0003824

GO:0030151

GO:0030170

Описание протеома бактерии Aromatoleum aromaticum

Число белков протеома: 4584

Процент белков, котроым приписан хоть один термин GO: 2663/4584 = 58%

Термины из словаря "функция" встречаются чаще:

В словаре "локализация" чаще всего (больше 100 раз) встречаются такие термины как: GO:0016021 (интеграция на мембране), GO:0005737 (цитоплазма), GO:0016020 (мембрана), GO:0005886 (плазматическая мембрана), GO:0005622 (внутриклеточно).

В словаре "функция": GO:0005524 (связывание АТФ), GO:0003677 (связывание ДНК), GO:0046872 (связывание ионов металлов), GO:0016491 (оксидоредуктазная активность), GO:0009055 (переносчик электронов), GO:0000166 (связывание нуклеотидов).

В словаре "процесс": GO:0006355 (регуляция транскрипции, ДНК-зависимый), GO:0006351 (транскрипция, ДНК-зависимый).

Это объясняется тем, что эти функции и процессы наиболее жизненно важны для бактерии.

Результат в таблице Excel.

Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Картофель - Solanum tuberosum (Solanum tuberosum subsp. tuberosum), potato.
Ранг: species
ID: 4113

Синтез пиримидинов - pyrimidine biosynthesis.
Выбранный GO ID: GO:0006207 ('de novo' pyrimidine base biosynthetic process), так как только для него находятся белки в данном организме. Относится к словарю "biological process".
Запрос SRS: ([uniprot-NCBI_TaxId:4113*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0006207*])) дал 1 находку.