Алгоритмы реконструкции деревьев.

Главная

Укоренение в среднюю точку

Невозможно для деревьев, построенных методом максимальной экономии, так как этот метод символьно-ориентированный, не учитывающий оценку эволюционных расстояний, и поэтому среднюю точку определить нельзя.

Не имеет смысла для дерева, построенного методом UPGMA, так как этот метод предполагает молекулярные часы и строит укорененные деревья.

Дерево, построенное методом neighbor-joining, было укоренено в среднюю точку программой retree: 

((IF2_FINM2:0.38605,(IF2_CLOB1:0.1823,IF2_CLOTE:0.19720):0.08849):0.09857,
((IF2_BACSU:0.17732,(IF2_GEOKA:0.19590,IF2_BACAN:0.1194):0.03334):0.03806,
(IF2_LACAC:0.38251,IF2_ENTFA:0.28155):0.06048):0.04163);

Укоренение произошло в ветвь {CLOTE,CLOB1,FINM2}vs{LACAC,ENTFA,BACAN,BACSU,GEOKA} так же, как и в правильном дереве. Полученное дерево, как и дерево neighbor-joining, отличается от правильного наличием ветви {CLOTE,CLOB1,FINM2,LACAC,ENTFA,BACSU}vs{BACAN,GEOKA} и отсутствием ветви {CLOTE,CLOB1,FINM2,LACAC,ENTFA,GEOKA}vs{BACAN,BACSU}.

Использоване внешней группы

После удаления внешней группы (лист IF2_ECOLI) вручную из выходной скобочной формулы получено следующее дерево: 
((IF2_ENTFA,((IF2_GEOKA,(IF2_BACSU,(IF2_BACAN,(IF2_CLOTE,IF2_CLOB1)))),
IF2_FINM2)),IF2_LACAC);

Оно идентично дереву, полученному программой fprotpars без использования внешней группы, и значительно отличается от правильного.

Бутстрэп

                                  +-----------------------IF2 BACSU     
                                  |                                     
                          +-100.0-|               +-------IF2 CLOB1     
                          |       |       +-100.0-|                     
                          |       +-100.0-|       +-------IF2 CLOTE     
                  +-100.0-|               |                             
                  |       |               +---------------IF2 BACAN     
          +-100.0-|       |                                             
          |       |       +-------------------------------IF2 GEOKA     
  +-------|       |                                                     
  |       |       +---------------------------------------IF2 FINM2     
  |       |                                                             
  |       +-----------------------------------------------IF2 LACAC     
  |                                                                     
  +-------------------------------------------------------IF2 ENTFA

Дерево, полученное с помощью бутстрэп-анализа, ничем не отличается от дерева fprotpars, кроме того, что оно не укоренено.

Ветви, описанные в выходном файле с помощью точек и звездочек:
{CLOTE,CLOB1}vs{FINM2,LACAC,ENTFA,BACAN,BACSU,GEOKA},
{CLOTE,CLOB1,BACAN}vs{FINM2,LACAC,ENTFA,BACSU,GEOKA},
{CLOTE,CLOB1,BACAN,BACSU}vs{FINM2,LACAC,ENTFA,GEOKA},
{CLOTE,CLOB1,BACAN,BACSU,GEOKA}vs{FINM2,LACAC,ENTFA},
{CLOTE,CLOB1,FINM2,BACAN,BACSU,GEOKA}vs{LACAC,ENTFA}.
Первая и последняя из них правильные, у всех поддержка 100.0.

©Гущина Ирина