Банки нуклеотидных последовательностей

1. Описание сборки генома многоклеточного эукарирта

Nemopilema nomurai

Выбранный мной многоклеточный эукариот - медуза Немопилема номура - относится к классу Сцифоидные, отряду Корнероты.

Одной из её особенностей, как можно заметить по рисунку №2, является размер её тела: вес достигает 200 кг, а диаметр 2 м. Обитают преимущественно в Жёлтом и Восточно-Китайском морях. Их хищниками являются меч-рыба, тунец, луна-рыба, кожистые черепахи и люди.

Немопилема приносит вред человеку на нескольких фронтах. Во-первых, были случаи, что по их вине тонули целые судна, например в 2009 году 10-тонный рыболовецкий траулер перевернулся, когда его экипаж попытался вытащить сеть, содержащую десятки медуз Номуры. В связи с этим, во-вторых, они наносят серьезный ущерб японскому рыболовству, особенно за последние 20 лет, когда их численность увеличилась. И в-третьих, они являются ядовитыми, всё больше людей, подвергнутых интоксикации, жалуются на такие симптомы, как зуд, отёк, острая боль, воспаление. Их яд состоит из сложных смесей белков и пептидов. В настоящее время проводятся исследования для определения ключевых взаимодействий в этих белково-пептидных смесях, которые могли бы предсказать конкретные симптомы от яда и помочь в лечении.

Рис 1. Nemopilema nomurai (источник)

Рис.2 Nemopilema nomurai в сравнении с человеком (источник)

NCBI Genome предоставляет только одну сборку генома не только для данного вида, но и для рода Nemopilema. Её описание представлено в Таблице1.

Чтобы получить последовательность контига необходимо перейти по ссылке напротив "WGS Project" на странице сборки генома. Далее по ссылке напротив "WGS". После этого появляется страница со списком из 50 контигов. Я выбрала последовательность под названием "scaffold37_contig2". Потом, перейдя по ссылке "FASTA" выбранного контига, его потребовалось скачать - "send to file".

2. Скачивание последовательности CDS Siphoviridae

Поиск полных геномов Siphoviridae в 80000-90000 пар оснований проводился на сайте NCBI по базе Nucleotide. Для введения запроса пригодилось поле "Advanced search".

Текст запроса: ((Siphoviridae[Organism]) AND 80000:90000[Sequence Length]) AND "Complete Genome"

Количество выданных находок составило 61, из котроых 49 из GenBank и 12 из RefSeq. Для дальнейшей характеристики мною был выбран геном вируса Staphylococcus phage PMBT8. Его характеристика представлена в Таблице 2.

Чтобы получить fasta-файл с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS), я выполнила следующие действия:

со страницы записи генома "send to file" → Coding Sequences → FASTA nucleotide → create file

Данный файл доступен по ссылке.

3. Ключи, используемые в таблицах особенностей

1. isolation_source

Определение описывает физическое, экологическое, географическое местоположение биологического образца, из которого была получена последовательность.

 
                     /isolation_source="piglet"

2. cell_type

Определение типа клетки, из которой была получена последовательность

                     /cell_type="leukocyte" 

3. chromosome

Определение хромосомы (номер), из которой была получена последовательность

                     /chromosome="1" 

4. country

Определение местоположения выделения секвенированного организма представленно названием страны, океана или моря.

                     /country="Atlantic Ocean:Charlie Gibbs Fracture Zone" 

5. dev_stage

Если последовательность была получена из организма в специфической стадия развития, то это определяется данным ключом.

                     /dev_stage="fourth instar larva" 

6. host

Определение естественного хозяина организма, чья последовательность была получена секвенированием.

                     /host="Staphylococcus hyicus 07/02 4A" 

7. lat_lon

Определение географических координат территории, где образц был собран.

                     /lat_lon= " 47.94 N 28.12 W"