Пробные выравнивания
Определение положения фрагмента в полной последовательности белка yecd_Ecoli
Заданный фрагмент (seq1) соответствует позициям 13 – 40 в полной последовательности белка yecd_Ecoli.
Выравнивание двух фрагментов вручную
Были выравнены два фрагмента, длиной 28 остатков каждый.
Получилось выравнивание длиной 32 колонки. Если вес выравнивания расчитывать по формуле W = M – nG (где M — число совпавших букв, G=2 — штраф за пропуск, n — общее число пропусков), то получается 10. Процент идентичности этих последовательностей (отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100) равен 37,5%.
Поиск первой N-концевой "близкородственной" замены.
Первая близкородственная замена (т.е. замена аминокислотных остатков, имеющая по матрице blosum62 положительный вес) находится во второй колонке выравнивания (V - I) и имеет вес 3. И валин (V), и изолейцин (I) имеют сходные размеры, и углеводородные (т.е. полностью гидрофобные) радикалы. На самом деле, они вообще являются гомологами и отличаются на одну -CH2- группу.
2008
©