PSI-BLAST


Итеративный поиск по банку Swiss-Prot

С помощью PSI-Blast был проведен итеративный поиск вероятных гомологов по банку Swiss-Prot для четырех последовательностей белков: P18196, P0A832, P0A780 и POADI7. По результатам поиска была заполнена следующая таблица:

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI P18196 5 126 0,004 0,005 239 0.003 0.007
SSRP_ECOLI P0A832 2 449 3e-10 5.0 449 8e-31 0.62
NUSB_ECOLI P0A780 4 327 0.003 0.008 388 2e-12 0.031
YECD_ECOLI P0ADI7 3 18 0.005 0.047 40 9e-24 1.5

Можно говорить о том, что итерации поиска для всех, кроме одной, последовательностей "сходятся", при этом E-value лучшей находки почти на каждой итерации уменьшается, а разрыв между E-value "пограничных" (худшей выше порога и лучшей ниже него) находок увеличивается с каждым разом. Исключением является MINC_ECOLI (AC P18196): на третьей итерации в список попал белок FRMA_PASPI с E-value 0,001 (меньше порога 0,005), который все-таки скорее всего не является гомологом MINC_ECOLI (предыдущая по списку находка имела E-value 5*10-10). С каждой последующей итерацией число находок увеличивалось, а разрыв E-value пограничных находок почти не менялся. Для этой последовательности можно говорить о "расхождении" списка гомологов.

Изменения порога поиска для обеспечения "сходимости" списка вероятных гомологов.

Для последовательности P18196 был проведен повторный поиск со снижением порога обнаружения с 0,005 до 0,001. В этом случае итерации поиска сошлись, это можно объяснить тем, что вероятно-негомологичная последовательность FRMA_PASPI не попала в список гомологов, т.к. её E-value оказалось выше порога на этот раз. Если порог будет равным 0,002, то эта последовательность снова попадает в список и итерации опять не "сходятся", поэтому максимальный порог E-value (с точностью до третьего знака после запятой) для сходимости итераций равен 0,001.


Назад

2009 ©