Поисковые системы


Сравнение поисковых систем SRS, MRS и поисковой системы Uniprot

В "дружественных отображениях" результатов поиска можно выделить следующие положительные моменты:

SRS: наглядное и удобное описание статей, а так же возможность просмотреть последовательность белка в разных форматах.

MRS: легче ориентироваться на странице за счет простоты дизайна, интересное представление поля features – при наведении курсора на пункт, подчеркивается соответствующий фрагмент последовательности (или выделяется при нажатии).

UniProt: распознает ссылки на статьи в поле features, в названии страницы непосредственно название найденного белка.


Таксоны, встречающиеся в полe Taxonomy банка Swiss-Prot, начинающиеся на "gam"

Название таксона Число находок Таксон
gambusia 1 род
gammaherpesvirinae 191 подсемейство
gammapapillomavirus 30 род
gammaproteobacteria 83513 класс
gammaretrovirus 116 род
gammaridea 1 подотряд

Белки с похожими функциями

Для поиска белков гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с YECD_ECOLI, использовались следующие запросы:

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
isochorismatase ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:isochorismatase]) 12
hydrolase ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:hydrolase]) 1224
hydrolase ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Keywords:hydrolase]) 10750
isochorismate hydrolase ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:isochorismate] & [swissprot-AllText:hydrolase]) 8

Файл в fasta-формате с последовательностями, найденными по первому запросу

Дополнительные задания

1. Про белок YECD_ECOLI в банке PubMed не ни одной статьи за последние 3 года.
Запрос: ([medline-Year#2006:2009] & (([medline-Abstract:protein*] & [medline-Abstract:yecd]) | [medline-Abstract:protein yecd])).
Найдено статей: 0.
Запрос: ([medline-Year#2006:2009] & [medline-Abstract: yecd*]).
Найдено статей: 1 (но не про белок YECD_ECOLI).

2. Большая часть статей А.А. Нейфаха была посвящена нуклеиновым кислотам, в частности РНК. Объектом исследований часто были морские организмы.
Запрос: ([medline-Year#1970:1979] & [medline-Authors:N*fakh,A.A.*]).
Найдено статей: 27.


Назад

2008 ©