Abinitio вычисления для нафталина и азулена

Задание 1.

Построил и оптимизировал с помощью MOPAC структуры нафталина и азулена (чтобы добиться плоской структуры азулена использовал силовое поле UFF в obgen).

Азулен: (файл .smi) → (файл .mol) → (файл .mop) → (файл .out) → (файл .pdb)

Нафталин: (файл .smi) → (файл .mol) → (файл .mop) → (файл .out) → (файл .pdb)

С помощью babel переформатировал файлы в gamin формат, потом поменял заголовок на:

 $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS   SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
 $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6  $end
 $system mwords=2 $end
 $DATA

Получившиеся файлы:

Азулен: (файл .inp)

Нафталин: (файл .inp)

Задание 2.

Провел оптимизацию геометрии для обоих молекул, для этого запустил GAMESS следующим образом:

gms azu_opt.inp  1 >& azu_opt.log
gms nap_opt.inp  1 >& nap_opt.log

Как понятно из заголовков файлов, проводил оптимизацию используя базис N31 с приближением функции при помощи 6 гауссиан. Выходные файлы:

Азулен: (файл .log)

Нафталин: (файл .log)

Задание 3.

На основе полученных координат с помощью babel составил новые входные файлы для расчёта энергии, по два файла на каждую молекулу. В первом случае - для расчёта методом Хартри-Фока, а во втором - для использования в расчетах теории функционала плотности. Поменял заголовки файлов:

для метода Хартри-Фока:

 $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS   SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY $END
 $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6
 POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
 $GUESS  GUESS=HUCKEL $END
 $system mwords=2 $end
 $DATA

для теории функционала плотности:

 $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS   dfttyp=b3lyp RUNTYP=ENERGY $END
 $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6
 POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
 $GUESS  GUESS=HUCKEL $END
 $system mwords=2 $end
 $DATA

Запустил GAMESS аналогично предыдущему заданию.

Азулен:
Хартри-Фок: (файл .inp) → (файл .log)
теория функционала плотности: (файл .inp) → (файл .log)

Нафталин:
Хартри-Фок: (файл .inp) → (файл .log)
теория функционала плотности: (файл .inp) → (файл .log)

Задание 4.

Нашел в log файлах расчёта энергии строчку с "TOTAL ENERGY = " и заполнил таблицу:

Экспериментально полученная энергия изомеризации равна 35,3 ± 2,2 kCal/mol, таким образом теория функционала плотности (ТФП) дала в данном случае результат более близкий к экспериментальным данным, чем метод Хартри-Фока.

2011 ^©