Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики

Вычисление точечных зарядов

С помощью скриптов RED вычислил точечные заряды на атомах этана. В итоге получил файл (Mol_m1-o1.mol2) с координатами атомов и точечными зарядами на них.

Создание файла описания молекулы в формате пакета программ GROMACS

Используя данные, полученные в предыдущем практикуме о величине константы жесткости и длины связи С-С, а так же точечные заряды, вычисленные скриптами RED, создал файл описания молекулы.

Оценка значения ε для водорода и сравнение вкладов кулоновских и VdW взаимодействий

В файле есть одно неизвестное значение - ε для водорода, создал 7 файлов с разными значениями ε. Потом промоделировал (grompp_d) испарение этана в двух фазах (в газе и в соответствующей по плотности жидкости) для вычисления разницы в энергии (g_energy) VdW взаимодействий между системами. Для всего этого использовал скрипт. В каждом из 7 случаев вклад кулоновских взаимодействий был намного ниже, чем вклад VdW взаимодействий. Сравнив разницу средних энергий двух систем с экспериментальной информацией о энтальпии испарения этана (5.4 кДж/моль при T=25), выяснил, что ε водорода должно лежать в интервале от 0.12500 до 0.03703.

2011 ^©