Моделирование плавления алфа-спирального пептида в формамиде

Подготовка входных файлов для моделирования

Построил файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs, сделал небольшой отступ в ячейке от ДНК, провел оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле. Проследил изменение максимальной силы, действующей на атомы: в начальном состоянии Fmax=2.295e+03 на атоме 150, в конечном - Fmax=3.210e+02 на атоме 30. Вообще в целом можно заметить некоторое снижение максимальной силы во время моделирования, однако падение нельзя назвать равномерным.

Изменение максимальной энергии

Добавил в ячейку 902 молекулы формамида с помощью genbox. Отредактировал файл топологии pep.top. Потом нейтрализовал заряд системы в два шага: построил tpr файл grompp и запустил genion, задав заряд, равный 9.9999е-1, т.е 1. Но позже выяснилось, что genion не понимает чисел в таком виде. В итоге он заменил 9 молекул растворителя на ионы натрия, а не одну. Провел утряску растворителя. Переформатировал pep_pr.gro и pep_si.gro в pdb формат.

До утряски растворителя

После утряски растворителя

На изображениях пептид черный, растворитель белый. До утряски растворитель располагался строго упорядочено, после утряски - хаотически, даже полость образовалась.

Запуск моделирования

Для начала запустил тестовое моделирование. Оно прошло без ошибок, поэтому запустил основную задачу. Анализ результатов можно будет посмотреть в следующем практикуме.

2011 ^©