MEME

Поиск предполагаемого места связывания

Для того, чтобы найти общий мотив в данных последовательностях ДНК E.coli, находящихся перед генами, регулируемыми белком PurR (пуриновым репрессором), был использован сервер MEME.

Последовательности в формате fasta были скопированы в текстовое поле. Поиск был ограничен одним мотивом длины ровно 16 нуклеотидов (максимальная и минимальная длина мотивов была установлена на 16). Для распределения числа встреч мотива в последовательностях было выбрано "Zero or one per sequence". После нажатия кнопки "Start search" перешел по гиперссылке на страницу, на которой после окончания расчётов появились гиперссылки на страницы с результатами, где выбрал "MEME output as HTML".

Результаты расчетов MEME

LOGO найденого мотива:

PSSM (Position-Specific Scoring Matrix) найденого мотива:

+ столбец - это множество нуклеотидов, дающих положительный вклад в вес в данной позиции.

Из 18 последовательностей мотив был найден в 11:

Ниже приведены участки последовательностей (начиная с 70 нуклеотида), подчеркнутые участки - предсказанные с помощью MEME, а выделенные жирным шрифтом - экспериментально установленные сайты связывания белка PurR из Escherichia coli:

>codB
ttttcccccacctttttgcactcattcatataaaaaatatatttccccacgaaaacgattgctttttatcttcagatgaatagaatgcggcggattttttgggtttcaaacagcaaaaagggggaatttcg

>purE
attttccgttttaaaaaacccgcaactttgctgatttcacagccacgcaaccgttttccttgctctctttccgtgctattctctgtgccctctaaagccgagagttgtgcaccacaggagttttaagacgc

>pyrC
aaattgtcattccatttactgattaatcacgagggcgcattcgcgccctttatttttcgtgcaaaggaaaacgtttccgcttatcctttgtgtccggcaaaaacatcccttcagccggagcatagagatta

>purR
accccttcctgacgctccgtgtcgtttttccggcgtaccgcaacacttttgttgtgcgtaaggtgtgtaaaggcaaacgtttaccttgcgattttgcaggagctgaagttagggtctggagtgaaatggaa

>cvpA
cgatggcgttgaatattttttcagcgccatttttattgatgcgcgggaaggaaatccctacgcaaacgttttctttttctgttagaatgcgccccgaacaggatgacagggcgtaaaatcgtgggacacat

>purM
ttcgccgcgcgcctggggaaaagacgtgcaaaaaggttgtgtaaagcagtctcgcaaacgtttgctttccctgttagaattgcgccgaattttatttttctaccgcaagtaacgcgtggggacccaagcag

>guaB
ttattcagtcgatagtaacccgcccttcggggatagcaagcattttttgcaaaaaggggtagatgcaatcggttacgctctgtataatgccgcggcaatatttattaaccactctggtcgagatattgccc

>glnB
ggcgcaaccggacagaattttataaactgctttcccgacacgagctggatgcaaacgatttcaaggaatgaattggcgttatgtgttacgtttagcagatcaaaagacaggcgaccttttcaaggaatagc

>purL
cggcacgcgttgctaattcacgatggtgattttatttccacgcaaacggtttcgtcagcgcatcagattctttataatgacgcccgtttcccccccttgggtacaccgaaagcttagaagacgagagactt

>purA
tacatgttgaggaaaacgattggctgaacaaaaaacagactgatcgaggtcatttttgagtgcaaaaagtgctgtaactctgaaaaagcgatggtagaatccatttttaagcaaacggtgattttgaaaaa

>carA
ttttagcgcccatatctccagaatgccgccgtttgccagaaattcgtcggtaagcagatttgcattgatttacgtcatcattgtgaattaatatgcaaataaagtgagtgaatattctctggagggtgttt
		

Таким образом, MEME с большой точностью предсказал сайты в 9 из 10 последовательностях, в одной последовательности нашел сайт неправильно и в одной последовательности нашел сайт, хотя его там не обнаружено экспериментально. Если считать чувствительностью отношение числа правильных предсказаний к числу реальных сайтов, а специфичностью — отношение числа правильных предсказаний к общему числу предсказаний, то чувствительность MEME в данном случае равна 90,00%, а специфичность - 81,82% (если реальный сайт считать предсказанным верно в случае, когда он пересекается с предсказанием по 8 или более нуклеотидам). Можно сказать, что MEME удовлетворительно справился с задачей, правда она была достаточно легкой.

2009 ^©