Укоренение деревьев и бутстрэп анализ

Укоренение в среднюю точку

Дерево, полученное с помощью программы fneighbor, используя алгоритм Neighbor-Joining, было укоренено в среднюю точку, т.е. в точку, расстояние от которой до всех листьев одинаково. Для этого использовалась программа retree пакета PHYLIP. Для дерева, полученного с помощью fprotpars, эта операция не осуществима, так как оно не содержит длин ветвей, а дерево, построенное по алгоритму UPGMA, и так уже укоренено.

После укоренения получилось следующее дерево:

Укоренение прошло в ветвь {ECOLI, SALTY, ENT38, HAEIN, VIBFM, VIBCH} против {AGRRK, RHIEC}, и полученное дерево отличается от настоящего только отсутствием ветви {ECOLI, SALTY} против {ENT38, HAEIN, VIBFM, VIBCH, AGRRK, RHIEC}, вместо нее присутствует ветвь {ENT38, SALTY} против {ECOLI, HAEIN, VIBFM, VIBCH, AGRRK, RHIEC}.

Укоренение с использованием аутгруппы

В качестве аутгруппы был выбран рибосомный белок L2 (RL2) бактерии Bacillus subtilis (сенная палочка, BACSU). Программой muscle было построено выравнивание последовательностей белков. Дерево было построено программой fprotpars и обработано программой retree. Из полученного дерева аутгруппа была удалена:

Полученное дерево отличается от настоящего еще одной заменой ветвей по сравнению с результатом укоренения в среднюю точку: в полученном дереве присутствует ветвь {ECOLI, SALTY, ENT38, HAEIN, VIBFM} против {VIBCH, AGRRK, RHIEC}, и отсутствует {VIBFM, VIBCH} против {ECOLI, HAEIN, ENT38, SALTY, AGRRK, RHIEC}.

Бутстрэп анализ

Для проведения бутстрэп анализа было получено 100 бутстрэп-реплик выравнивания белков протеобактерий программой fseqboot. Потом для каждой реплики было построено дерево программой fprotpars. Из полученных деревьев было создано единое дерево по принципу "расширенного большинства" (extended majority rule tree). Для этого файл с деревьями, выданный программой fprotpars, был подан на вход программе fconsense. 

                                      +------AGRRK
                              +-100.0-|
                              |       +------RHIEC
                       +-92.3-|
                       |      |       +------VIBFM
                +-99.5-|      +-48.8--|
                |      |              +------VIBCH
         +-57.8-|      |
         |      |      +---------------------HAEIN
  +------|      |
  |      |      +----------------------------ECOLI
  |      |
  |      +-----------------------------------SALTY
  |
  +------------------------------------------ENT38
  
  1. ENT38
  2. SALTY
  3. ECOLI
  4. HAEIN
  5. VIBFM
  6. VIBCH
  7. RHIEC
  8. AGRRK

Это дерево совпадает по морфологии с одним из деревьев, полученных с помощью fporpars по множественному выравниванию, но отличается от настоящего, хотя среди полученных с помощью fprotpars было совпадающее по морфологии с настоящим. Таким образом бутстреп анализ не улучшил реконструкцию филогении по сравнению с результатом fprotpars.

Среди ветвей, не получивших поддержки анализа, есть ветвь .**..... с поддержкой 33.80, хотя эта ветвь есть в филогенетическом дереве бактерий ({ECOLI, SALTY} против {ENT38, HAEIN, VIBFM, VIBCH, AGRRK, RHIEC}).

Назад

2010 ©