Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Было построено дерево по последовательностям 16s rRNA (РНК малой субъединицы рибосомы). Последовательности были получены с помощью сервиса Silva. (Файл в формате fasta)
Далее последовательности были выровнены программой muscle. (Выравнивание в формате fasta)

С помощью программы fdnadist, была получена матрица растояний, которая была подана на вход программе fneighbor, которая построила дерево по алгоритму neighbor-joining. (Файл в формате fneighbor) (Скобочная формула)

Полученное дерево:

Полученное дерево отличается от настоящего одной ветвью: присутствует ветвь {ECOLI, SALTY, ENT38, VIBFM, VIBCH} против {HAEIN, AGRRK, RHIEC}, вместо истиной ветви {ENT38, SALTY, ECOLI, HAEIN} против {VIBFM, VIBCH, AGRRK, RHIEC}. Дерево с такой топологией не было построено ни одной программой по последовательностям рибосомных белков L2 (RL2) бактерий. (См. "Формы записи деревьев и программы их построения")

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Был проведен поиск достоверных гомологов белка FTSH_ECOLI в выбраных бактериях (Достоверными считались вероятные гомологи, E-value для которых <0,0001). Два гомологичных белка будем называть ортологами, если они а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущей к ним, произошло в результате видообразования. Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.

Полученные последовательности были выровнены программой muscle. (Файл в формате fasta)

С помощью программы fprotdist, была получена матрица растояний, которая была подана на вход программе fneighbor, которая построила дерево по алгоритму neighbor-joining. (Файл в формате fneighbor) (Скобочная формула)

Полученное дерево:

Паралоги выделены зелеными рамочками, ортологи - красными.

2010 ^©