Контакты α-спирали (остатки 40-58 цепи A белка) с остальной структурой

Гидрофобные контакты α-спирали с атомами других структур белка

Светло-серым, красным и синим показаны соответственно атомы углерода, кислорода и азота остатков α-спирали, тёмно-серым и оранжевым - атомы углерода и серы, образующие гидрофобные взаимодействия с α-спиралью.

На изображении видно, что с одной стороны α-спираль образует гидрофобные контакты, а с другой – ни с чем не контактирует. Это объясняется расположением α-спирали в белке. Она находится на его поверхности и взаимодействует с ним только одной стороной.

Водородные связи атомов α-спирали с остатками белка

Leu199 - С-концевой остаток цепи А, он взаимодействует с α-спиралью не только остовным кислородом, но и С-концевым гидроксилом.

На изображении видно, что водородные связи расположены в одной плоскости, которая и ограничивает область образования гидрофобных контактов, т.е. лежит на поверхности белковой сферы. Это можно обяснить тем, что водородные связи образуются между полярными группами, которые являются гидрофильными и располагаются на поверхности белка, взаимодействуя с окружающей водой.

2008 ^©