Программы DSSP и HBplus
Задание 1.
При сравнении найденных структурных элементов с теми, которые описанны в полях HELIX и SHEET PDB файла 1J2R, было выяснено, что β-тяжи программа DSSP нашла такие же, как и в PDB файле, не были обнаружены 1, 2 и 4 α-спирали из PDB, а остальные отличаются краями на одну-две аминокислоты.
(β-тяжи, описанные в PDB), (α-спирали, описанные в PDB)
Задание 2.
По данным выходного файла DSSP положительные углы φ имеют следующие остатки:
37, 59, 68, 102, 120, 131, 139, 157 глицины цепей A, B, C и D;
26 аспартат и 73 тирозин цепей A, B, C и D;
12 метеонин цепей A и D, 13 лейцин цепи C и 15 лейцин цепи B.

Цепь D белка, зеленым изображены остатки с положительным φ, синим - β-тяжи, красным - α-спирали по данным DSSP.
Для получения изображения был написан скрипт PyMOL
Задание 3.
С помощью программы HBPlus были определены водородные связи в цепи А молекулы, описанной в записи 1J2R банка PDB. (выходной файл)
По выходным данным HBPlus были найдены примеры атомов, образующих водородные связи, выполняющие различные функции в молекуле (сферами на картинках изображены атомы, образующие водородную связь):

Водородные связи, стабилизирующие α-спираль

Водородные связи, стабилизирующие β-лист

Водородная связь между белком и лигандом

Водородная связь между атомами боковых цепей остатков

Водородные связи между атомами боковых цепей и остовным атомом

Водяные мостики
2010
©