Кристаллографическая симметрия

Поле COMPND записи 1MNM банка PDB

В записи 1MNM банка PDB описаны следующие молекулы:

две молекулы ДНК (область дрожжевого оператора STE6) - цепи E и F;
MCM1 регулятор транскрипции (рецептор феромона) - цепи A и B;
белок MAT ALPHA-2 - репрессор транскрипции, регулятор типа спаривания дрожжей - цепи C и D.

Водородные связи цепи D в пределах ассиметрической единицы

Были изучены водородные связи цепи D в пределах ассиметрической единицы (водородной связью считалось расположение двух полярных (азот или кислород) атомов из разных цепей на расстоянии менее 3,5 Å).

Цепь D белка

Молекулы ДНК (черная цепь F, белая - E)

Цепь D белка (зеленая) и цепь А белка, связанная с ней (желтая)

Остатки, образующие водородные связи с цепью D и остатки цепи D, вступающие в эти взаимодействия. Шариками отмечены атомы, образующие водородные связи.
Красные - атомы кислорода, синие - азота. Углероды покрашены по цвету цепей (черные - F, белые - Е, желтые - A, зеленые - D).

Взаимодействия цепи D внутри ассиметрической ячейки (все цвета такие же как на предыдущих изображениях).

На изображениях видно, что цепь D взаимодействует с цепью А белка и цепями E и F ДНК, но эти взаимодействия нельзя назвать прочными, т.к. образуется всего 5-8 вероятных водородных связей с каждой из цепей, при этом во взаимодействия вступают только 8 остатков из цепи D.

Cвязи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы

C помощью PyMOL были исследованы взаимодействия цепи D с молекулами, расположеными в соседних симметрических образах асимметрической единицы.

Взаимное расположение цепи D (зеленая), цепи F (черная) и её образа (темно-серый), цепи E (белая) и её образа (светло-серый).

Нуклеотиды, образующие водородные связи с цепью D и остатки цепи D, вступающие в эти взаимодействия. Шариками отмечены атомы, образующие водородные связи.
Красные - атомы кислорода, синие - азота. Углероды покрашены по цвету цепей (черные - F, белые - Е, зеленые - D, светло-серый - образ E).

Взаимное расположение цепи D (зеленая), цепи A (желтая, нижняя), и цепей из соседних образов ассиметрической единицы
(на расстоянии менее 3.5 Å от цепи D располагаются только два образа цепи A - желтые).

Остатки образов цепи A, образующие водородные связи с цепью D и остатки цепи D, вступающие в эти взаимодействия. Шариками отмечены атомы, образующие водородные связи.
Красные - атомы кислорода, синие - азота. Углероды покрашены по цвету цепей (зеленые - D, желтые - образы A).

На изображениях видно, что цепь D взаимодействует с цепями ДНК из соседних образов ассиметрической единицы (можно даже сказать, что одна из α-спиралей цепи D ложится в "большую бороздку" двухцепочечной ДНК, образованной цепями E и F и их образами), и с образами цепи А, с одним из них даже образует общий β-лист.