На главную На страницу второго семестра
— — — — — — — —
Сравнение выравнивания гомологичных и негомологичных белков
В таблице представлены результаты глобальных и локальных выравниваний гомологичных и негомологичных белков. Как видно, глобальные выравнивания сильно отличаются по проценту одинаковых аминокислот (у негомологичных нет значений выше 15%, а у гомологичных – ниже 25%), по проценту похожих аминокислот (у негомологичных – ниже 30%, у гомологичных – выше 45%) и по числу гэпов (у гомологичных – не выше 65, а у негомологичных – не ниже 200). Однако при этом нельзя сделать каких-либо выводов о различии в числе инделей, их может быть как больше, так и меньше в обоих случаях. Локальные выравнивания не так резко отличаются по вышеперечисленным признакам, однако в них заметно отличие в проценте покрытия. Для гомологичных белков характерны оба процента покрытия выше 85%, а часто и выше 90%, в то время как для негомологичных эти параметры никогда не достигают таких значений для обоих белков одновременно.
Сравнивание выравниваний
Три способа выравнивания белков ARAB_ECOLI и ARAB_BACSU. Сверху – выравнивание через команду needle, посередине – через water, а снизу – через множественное выравнивание.
Как видно из картинки, первые два выравнивания довольно схожи, в то время как выравнивание, полученное из множественного, существенно отличается от них. Это ожидаемо, учитывая то, что множественное выравнивание строится по многим последовательностям. В данном случае хорошо наблюдаются консервативные позиции, которые также выровнялись и на парных выравниваниях.