На главную На страницу второго семестра
— — — — — — — —
Данный практикум рассчитан на тренировку работы с базой данных UniProt, умение находить в ней информацию о белках разными методами.
Получение информации о белке METE_STRMU (AAN58588.1)
Данные о белке через его GeneBank ID были получены с сайта UniProt. Полученнные данные представлены в таблице 1.
| UniProt ID | UniProt AC | RefSeq ID | PDB ID | Длина белка (а.о.) | Молекулярная масса (Да) | Рекомендуемое название |
|---|---|---|---|---|---|---|
| METE_STRMU | Q8CWX6 | WP_002262021.1, NP_721282.1 | 2NQ5, 3L7R, 3T0C | 745 | 84141 | 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase |
Белок состоит из трёх цепей, все три цепи есть в PDB.
Поиск кластеров, содержащих белок METE_STRMU, в UniRef
Поиск кластеров осуществлялся с помощью Retrieve/ID mapping tool через UniProt ID белка. Полученные данные представлены в таблице 2.
| Раздел UniRef | ID кластера | Название кластера | Размер кластера |
|---|---|---|---|
| UniRef100 | UniRef100_Q8CWX6 | 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase | 3 |
| UniRef90 | UniRef90_Q8CWX6 | 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase | 51 |
| UniRef50 | UniRef50_P80877 | 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase | 3414 |
Сеансы поиска в UniProt
Для знакомства с синтаксисом запросов в UniProt были проведены следующие сеансы поиска.
Поиск 5-метилтетрагидроптероилтриглутамат-гомоцистеин-метилтрансферазы
-
Поиск по рекомендованному названию своего белка
Текст запроса: name:"5 methyltetrahydropteroyltriglutamate homocysteine methyltransferase"
Количество находок в Swiss-Prot: 276
Общее количество находок: 17352
-
Поиск метилтрансферазы по названию среди белков Streptococcus mutans UA159
Текст запроса: name:"5 methyltetrahydropteroyltriglutamate homocysteine methyltransferase" organism:"streptococcus mutans serotype c strain atcc 700610 ua159"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
-
Поиск по названию среди белков из организмов семейства Streptococcaceae
Текст запроса: name:"5 methyltetrahydropteroyltriglutamate homocysteine methyltransferase" taxonomy:streptococcaceae
Количество находок в Swiss-Prot: 16
Общее количество находок: 748
-
Поиск по названию среди белков из организмов отдела Firmicutes
Текст запроса: name:"5 methyltetrahydropteroyltriglutamate homocysteine methyltransferase" taxonomy:firmicutes
Количество находок в Swiss-Prot: 61
Общее количество находок: 3901
Поиск цитохромов
-
Поиск цитохромов без органичения на организмы
Текст запроса: name:cytochrome
Количество находок в Swiss-Prot: 7713
Общее количество находок: 2578674
-
Поиск цитохромов в позвоночных
Текст запроса: name:cytochrome taxonomy:vertebrata
Количество находок в Swiss-Prot: 2938
Общее количество находок: 317449
-
Поиск цитохромов в зелёных растениях
Текст запроса: name:cytochrome taxonomy:viridiplantae
Количество находок в Swiss-Prot: 1511
Общее количество находок: 78986
Поиск трипсинов
-
Поиск по слову "трипсин"
Текст запроса: name:trypsin
Количество находок в Swiss-Prot: 312
Общее количество находок: 23018
-
Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы
Текст запроса: name:trypsin NOT name:inhibitor
Количество находок в Swiss-Prot: 101
Общее количество находок: 18270